Question

我使用specaccum()命令为我的样本开发物种积累曲线。

以下是一些示例数据：

site1<-c(0,8,9,7,0,0,0,8,0,7,8,0)
site2<-c(5,0,9,0,5,0,0,0,0,0,0,0)
site3<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,0,6,0,0)
site4<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
site5<-c(5,0,9,0,0,6,6,0,0,0,0,0)
site6<-c(5,0,9,0,0,0,6,6,0,0,0,0)
site7<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,7,0,0,3)
site8<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,0,0,1,0)
site9<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,0,0,1,0)
site10<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,0,0,1,6)
site11<-c(5,0,9,0,0,0,5,0,0,0,0,0)
site12<-c(5,0,9,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
site13<-c(5,1,9,0,0,0,0,0,0,0,0,0)

species_counts<-rbind(site1,site2,site3,site4,site5,site6,site7,site8,site9,site10,site11,site12,site13)

accum <- specaccum(species_counts, method="random", permutations=100)

plot(accum)

为了确保我已经充分采样，我需要确保物种积累图的曲线达到渐近线，定义为最后两点之间的斜率<0.3（站点12和13之间的ei）。

results <- with(accum, data.frame(sites, richness, sd))

产生这个：

 sites richness        sd
1      1     3.46 0.9991916
2      2     4.94 1.6625403
3      3     5.94 1.7513054
4      4     7.05 1.6779918
5      5     8.03 1.6542263
6      6     8.74 1.6794660
7      7     9.32 1.5497149
8      8     9.92 1.3534841
9      9    10.51 1.0492422
10    10    11.00 0.8408750
11    11    11.35 0.7017295
12    12    11.67 0.4725816
13    13    12.00 0.0000000

我觉得我到了那里。我可以生成一个具有站点与丰富度的lm并提取站点12和13之间的确切斜率（正切？）。在这里搜索一下。

Answer 1

简化数据生成过程：

set.seed()

在运行随机化测试之前，specaccum总是一个好主意（让我们知道vegan包含在set.seed(101) library(vegan) accum <- specaccum(species_counts, method="random", permutations=100)中）：

richness

从返回的对象中提取sites和d(richness)/d(sites)组件并计算(slopes <- with(accum,diff(richness)/diff(sites))) ## [1] 1.45 1.07 0.93 0.91 0.86 0.66 0.65 0.45 0.54 0.39 0.32 0.31（请注意，斜率向量比原点/丰富度向量短一个元素：小心如果你试图将斜坡与特定数量的地点进行匹配）

which(slopes<0.3)[1]

在这种情况下，斜率实际上从未低于0.3，因此该代码用于首次发现斜率低于0.3：

NA

返回.datamaps-subunit.MI。

找到物种积累曲线到达渐近线的位置

1 个答案: