树的颜色边缘

时间:2016-11-07 12:20:39

标签: r minimum-spanning-tree vegan

使用vegan创建最小生成树:

library(vegan)
MST <- spantree(D)

其中D是N个实体之间的距离/不相似矩阵。

然后我使用:

绘图
plot(MST, type = "t")

我现在想要为树的不同节点着色,具体取决于我在DataSet$SubGroups中的标签,指示N个实体中的每一个属于哪个子组。例如,对于DataSet$SubGroups == SubGroup1的所有实体,我希望它们的标签为绿色,对于Subgroup2 Blue等。

我尝试使用来自ape包的nodelabels,但没有运气,因为我得到了:

Error in get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv) :    object
'last_plot.phylo' not found

有人知道如何正确使用颜色吗?

是否也可以指定RGB颜色代码?

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