使用vegan
创建最小生成树:
library(vegan)
MST <- spantree(D)
其中D是N个实体之间的距离/不相似矩阵。
然后我使用:
绘图plot(MST, type = "t")
我现在想要为树的不同节点着色,具体取决于我在DataSet$SubGroups
中的标签,指示N个实体中的每一个属于哪个子组。例如,对于DataSet$SubGroups == SubGroup1
的所有实体,我希望它们的标签为绿色,对于Subgroup2 Blue等。
我尝试使用来自ape包的nodelabels,但没有运气,因为我得到了:
Error in get("last_plot.phylo", envir = .PlotPhyloEnv) : object 'last_plot.phylo' not found
有人知道如何正确使用颜色吗?
是否也可以指定RGB颜色代码?