plot - 在流式细胞仪中以对数标度表示负数据

时间：2016-10-16 11:52:38

标签： plot transformation bioinformatics logarithm negative-number

我正在创建一个大学应用程序，用于在XY图形中绘制流式细胞仪数据。它看起来像这样：

它适用于线性图，但是当我需要使用对数图时，我不能表示小于0的数据，因为负数的日志是未定义的。

那么在流式细胞仪中以对数标度表示负数的可接受方式是什么？

一个选项是为所有值添加常量值，以使最小值为.001。然而，我已经看到了现有的流式细胞仪软件，它看起来并不像他们使用这种方法（至少对我未经训练的眼睛）。那么普遍接受的方法是什么？

修改

这不是this question的重复。我特别询问在流式细胞仪中以对数刻度表示负数的可接受方式 - 通常不是如何在对数刻度上表示负数。上下文 - 用于血液分析的流式细胞仪 - 非常重要，因为它非常主观，并且使这成为一个不同的问题。

修改 This article建议使用名为“logicle”的内容来显示负值。似乎是线性和日志的组合。

答案 0 :(得分：0)

以下文章支持使用logicle：

转换代码似乎可以在这里找到：

答案 1 :(得分：0)

由于该问题不仅限于Logicle，所以我提供了更多选择。

问题表述：
通常，测得的细胞计数标志物表达的增加往往与指数值的增长相关。逻辑上的后续步骤将是应用对数转换。（目的是可以将数据可视化以进行门操作，或者转换只是数据预处理的一部分。）由于您无法记录任何负数，因此通常基于所谓的{{ 3}}。

一些常用的转换（另请参见科学论文）：

bi-exponential functions
对于每个实数x

，由Cytobank提供。
大量有关细胞计数法的令人难忘的出版物（例如引用最多的Used （2017年在Google学术搜索中使用“ mass cytometry”的关键词）的人也使用arcsinh。

请注意术语辅因子，arcsinh的用法类似于：

publication

另一个有用的，非学术性的Hyperlog。