使用flowCore转换流式细胞仪数据？

Question

我想知道是否有人知道如何在不使用flowCore包提供的标准转换的情况下对第4个通道（FLH 4）进行转换？

通道4的值介于1和4096之间，我需要使用规则10 ^（x / 1024）转换1到246之间的值。

谢谢。

Answer 1

最好使用flowTrans mclMultivArcSinh转换。

trans<-flowTrans(flowData, "mclMultivArcSinh",colnames(flowData)[3:12], n2f=FALSE, parameters.only=FALSE)

你不能改变FSC-A，SSC-A和时间，这就是为什么我有姓氏[3:12]。

Answer 2

你可以通过做类似的事情来获得自定义转换。

  

plot（transform（someFlowFrame，FSC-H = 10 ^（FSC-H / 1024），SSC-H = 10 ^（SSC-H / 1024）），c（“FSC -H”， “SSC-H”））

然而，对于您的假设示例，10 ^（4096/1024）返回最大值10000，带有范围的图 -

  

plot（transform（someFlowFrame，FSC-H = 10 ^（FSC-H / 1024），SSC-H = 10 ^（SSC-H / 1024）），c（“FSC -H“，”SSC-H“），xlim = c（0,256），ylim = c（0,256））

看起来不太好。