转置一张大桌子,拉链限制

时间:2016-10-11 22:10:39

标签: python zip transpose

我试图使用此代码转置表:

def transpose_otu_table(otu_table):
    with open(otu_table) as f:
        rows = [x.split() for x in f]
    transposed_rows = zip(*rows)
    with open(otu_table.rstrip('.txt') + '_TRANS.txt', 'a') as newfile:
        for new_row in transposed_rows:
            towrit = ''
            for el in new_row:
                towrit += el + '\t'
            towrit.rstrip('\t')
            towrit += '\n'
            newfile.write(towrit)
    return()

它适用于小型表,但是当我使用真实数据进行尝试时,它会创建一个空文件。

我认为它与zip的内存限制有关。

我该如何克服这个问题?

Data example

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