转置大数据

时间:2018-12-02 20:18:14

标签: python r matrix memory-management transpose

我有一个很大的.tsv文件,很不幸,该文件已经用错误的格式进行了预处理,需要进行转置。不幸的是,我无法导入此数据,因为它非常庞大。我已经尝试过R和Python。在R中,出现以下错误:

  

错误:无法分配大小为107 Kb的向量

,在使用熊猫库的python中,我也遇到了内存错误。你们中的任何人都可以建议您一种无需真正将其存储在内存中的方式来转置此数据的方法,还是一种将数据作为对象导入然后进行转置的方法? 我已经能够将其存储为anndata对象,但无法对其进行转置。 有人有建议吗?

谢谢

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