下面的示例文档旨在包括附录后面的索引。在Sweave文档中，Rstudio将运行shell转义命令来创建索引.idx文件，但是我无法找到为Rmarkdown文档执行此操作的方法。是否有一个简单的标题命令我不见了？
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title: "Untitled"
output:
pdf_document:
toc: yes
header-includes:
- \usepackage{makeidx}
- \makeindex
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```
# R Markdown
This is an \index{R Markdown} R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.
# Appendix - A
End of the document
\printindex
我已经从编织按钮和使用：
尝试了这个rmarkdown::render(rmd.file, output_format = "pdf_document", clean = FALSE)
我正在寻找一种可以作为自动化流程的一部分运行的解决方案。
更新的： 通过将输出类型更改为bookdown :: pdf_document2，我能够使索引工作。索引，交叉引用和格式化的组合需要额外的乳胶包。
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title: "Untitled"
output:
bookdown::pdf_document2:
toc: no
geometry: margin=0.8in
header-includes:
- \usepackage{attachfile2}
- \usepackage{booktabs}
- \usepackage{caption}
- \usepackage{float}
- \usepackage[utf8]{inputenc}
- \usepackage{makeidx}
- \makeindex
- \usepackage{multirow}
- \usepackage{setspace}
- \usepackage{relsize}
- \usepackage[table]{xcolor}
- \setcounter{tocdepth}{5}
- \setcounter{secnumdepth}{0}
- \hypersetup{unicode=true,pdfusetitle,bookmarks=true,bookmarksnumbered=true,bookmarksopen=true,bookmarksopenlevel=2,breaklinks=false,backref=false,colorlinks=true,linkcolor=blue}
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虽然这可以在手动按下创建PDF按钮时起作用，但对rmarkdown::render()的调用仍然不会处理索引。