Question

我有一个.rmd文件，编织过程就好了。

我想在文档中运行所有块，以便我可以探索导致我的R shell。

在Rstudio中，有一个选项可以运行文档中的所有块，但是我找不到在简单的R会话中实现相同效果的方法（在我的终端中打开）。

有办法做到这一点吗？

Answer 1

使用Run all chunks相当于：

创建临时R文件
使用knitr::purl将所有R块提取到临时文件
使用source()运行文件
删除临时文件

像这样：

tempR <- tempfile(fileext = ".R")
library(knitr)
purl("SO-tag-package-dependencies.Rmd", output=tempR)
source(tempR)
unlink(tempR)

但是你想把它变成一个函数。这很容易，除非您必须使用sys.source在全局环境中运行R脚本：

runAllChunks <- function(rmd, envir=globalenv()){
  tempR <- tempfile(tmpdir = ".", fileext = ".R")
  on.exit(unlink(tempR))
  knitr::purl(rmd, output=tempR)
  sys.source(tempR, envir=envir)
}

runAllChunks("SO-tag-package-dependencies.Rmd")

Answer 2

您甚至不必使用purl()：如果您在R控制台中knit文档，则会在全局环境中评估代码（默认情况下，请参阅envir= knit()）的选项。

因此，如果您的文件是my.Rmd，那么只需运行

即可

library(knitr)
knit('my.Rmd')

一个方便的技巧：如果您只想运行文档中的某个点，请插入如下错误：

stop('here')

在您希望它停止的代码块中，并设置以下knitr选项：

opts_chunk $集（误差= FALSE）

在运行knit()之前在控制台中

。

Answer 3

将文件加载为原始文本变量

file_name="your_file_name.Rmd"
txt <- readLines(file_name)

标识开始和结束块（第一列将是每个块的块开始的行，第二列将是块的结束行）

chunks <- matrix(grep("```",txt),ncol =  2,byrow = T)

选择开始和结束块之间的所有行，将其作为字符串的实际代码

temp <- apply(chunks,1,function(x) txt[(x[1]+1):(x[2]-1)])

执行代码。（此行执行所有包含在字符串变量中的代码）

eval(parse(text = temp))

knitr：在Rmarkdown文档中运行所有块

3 个答案: