将列替换为设计格式

时间:2016-10-04 09:34:16

标签: python shell unix

我有一个像这样的专栏

Hei-3_ctg7180000009945  pan gene    1   13249   .   .   .   ID=Hei-3_ctg7180000009945;Name=Hei-3_ctg7180000009945
Hei-3_ctg7180000009946  pan gene    1   587 .   .   .   ID=Hei-3_ctg7180000009946;Name=Hei-3_ctg7180000009946

我想这样做:

Hei-3_ctg7180000009945  pan gene    1   13249   .   .   .   ID=Hei-3_ctg7180000009945;Name=Hei-3_ctg7180000009945
Hei-3_ctg7180000009945  pan mRNA    1   13249   .   .   .   ID=mHei-3_ctg7180000009945;parent=Hei-3_ctg7180000009945
Hei-3_ctg7180000009945  pan exon    1   13249   .   .   .   ID=eHei-3_ctg7180000009945;parent=mHei-3_ctg7180000009945

任何建议我都可以轻松完成吗?所以基本上我会打印每一行三次。第一行与输入相同。第二行随着基因的变化转变为mRNA以及最后一列的变化。等等第三栏。

这是我在python中尝试过的。但我试着阅读每个元素,但我不确定如何修改一些元素?

with open('10_pan.gff3') as f:
 for line in f:
      lines1 = line.rstrip('\n').split(' ')
      ll = line.split('\t')
      #print (ll)
      print(lines1)

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

非常模糊的问题,但要以固定长度打印(在这种情况下为5),您可以使用

print("{:5}".format(123))
print("{:5}".format(12345))

产量

  123
12345