您好，
希望有人熟悉生物信息学工具箱中的聚类图。我对函数的图形方面感兴趣（树形图/热图），但由于它需要我使用Matlab的cluster（）函数，因此目前是残障的。我更愿意使用我的个人算法进行聚类，然后让Matlab为我想象这个。
我已经搜索了代码，但是对于面向对象的编程一般都很愚蠢，特别是Matlab的版本。因此，我所知道的是函数调用行'obj = obj.getclusters'，但不知道如何编辑它，以便我使用自己的聚类算法而不是Matlab的。
感谢任何帮助！
编辑：我专门研究一种新算法，因此我不需要pdist或链接。树形图在集群图函数之外计算。我用来创建树形图/热图的所有内容都是clustergram函数。我的生物信息学工具箱是版本3.3真的，我在这里找的就是他们到底做了什么'obj = obj.getclusters;'做？我不是程序员，对OO真的不熟悉。对我来说，看起来我们神奇地拥有集群，因为没有函数调用。这是在clustergram（）
的第304行答案 0 :(得分：0)
首先我有更高版本的Bioinformatics Toolbox（3.4及更高版本），对于那些版本clustergram.m文件没有行obj = obj.getclusters;
在课堂上记住CLUSTERGRAM（不像旧版本那样起作用）。运行clustergram(data,...)时，实际运行此类的构造函数方法以创建clustergram对象。该对象是obj变量。因此，当您运行obj = obj.getclusters;时，实际上在clustergram类中运行getclusters方法，这会更新对象obj。
要获取getclusters方法正在执行的更多详细信息，请在方法块中查找以下行：
function obj = getcluster(obj)
在最新版本中，方法computeClusters定义为
function computeClusters(obj)
此方法计算行和列的树形图并更新对象。当然，你可以直接改变这个功能，但我不推荐它。为距离度量和链接开发单独的函数并使用这些函数构造clustergram对象要好得多。
如果您的算法不使用距离和链接，请解释如何构建树形图。它是否创建与LINKAGE函数输出相同的链接矩阵？如果没有这样的矩阵，我认为即使只是可视化，你也不能使用clustergram。你有一个例子你的clustergram应该是什么样的？您可以使用Heatmap类其他更简单的函数，例如IMAGE或IMAGESC。