Question

我已下载imageJ源并导入Eclipse。目前，我正在为imageJ插件工作，如果我愿意的话，我可以使用eclipse中的插件运行imageJ。我的问题是我希望从eclipse初始化imageJ但是加载了bioformats reader plugin所以我可以打开.lif文件。如何将此插件引入imageJ源代码？我试图在项目的生物形式的.jar文件中添加dependecies，但它不起作用。

Answer 1

不要复制源文件，也不要复制JAR文件。您应该管理项目依赖项using Maven或类似的21世纪构建工具（Gradle也很有效）。根据需要在net.imagej:ij和ome:formats-gpl以及其他Bio-Formats工件上添加依赖项。

另见：

ImageJ wiki的Development page。
minimal-ij1-plugin example

Answer 2

只是为了寻找同样的问题：

下载所有源代码：https://github.com/openmicroscopy/bioformats
将文件夹：bioformats-develop \ components \ bio-formats-plugins \ src复制到您的项目中。
将loci.plugins.LociImporter.java复制到ij.plugin。
删除loci.plugins.LociImporter.java

修改ij.plugin.LociImporter.java并添加arg行：

 public void run(String arg) {
     DebugTools.enableLogging("INFO");
     arg = "location=[Local machine] windowless=false "; //<-This one
     [...]
 }

修改loci.plugins.in.Importer.java：

//import loci.plugins.LociImporter;//substitute this import per
  import ij.plugin.LociImporter;//this one

修改ij.Menus.java：

[...]
Menu importMenu = getMenu("File>Import", true); 
addPlugInItem(importMenu, "Bio-Formats", "ij.plugin.LociImporter",0,false);  //<-Add this line
[...]

将bioformats.jar作为外部lib添加到项目中。

运行项目。现在你可以从file-＆gt; import-＆gt; Bio-Formats打开.lif文件。通过此修改，您将无法进行拖放操作，但只需使用此菜单打开文件即可使用此插件。由于这仅使用“导入”，因此仅对打开有用。如果你想要保存一些东西，你应该像我导入的那样调用loci.plugins.LociExporter（“”）。（实际上我的修改是调用ij.plugin.LociImporter（“location = [Local machine] windowless = false”）

ImageJ：使用bioformats进行调试

2 个答案: