Question

我是imagej / fiji的新手，我在.tif扩展名中有一堆图像。

1.Load the Stack file ie., .tif file into ImageJ -- File -> Open -> Browse the Stack   file(.tif)

2.Convert the Stack file of 16-bit image into 8-bit image-- Image -> Type -> select 8-bit

3.Apply Threshold on the 8-bit image--  Image -> Adjust -> Threshold

4.Now apply Segmentation with the plug-in “Segment blob in 3D Viewer” -- Plugins ->         Segmentation -> Segment blob in 3D Viewer


5.Selection of a Seed Point -- plugins -> segmentation -> levelsets
6.Overlapping/Touching Cell Structures -- Process -> Binary -> Watershed    
  Analyze -> Analyze Particles -> Show -> Outlines -> Display Result

7.Applying the Skeletonize  3D -- Plugins -> Skeleton -> Skeletonize 3D

这些任务是通过单独完成每项任务来实现的。我想要一个需要同时完成所有这些任务的插件。我不知道该怎么做..请有人帮帮我.. 我知道我们需要使用ecllipse为插件或宏编写java代码..我不知道如何一次完成这个任务。

Answer 1

对于您的任务，通过记录您的工作流而不是对ImageJ插件进行硬编码来创建宏应该非常容易。通过[Plugins＆gt;启动命令记录器宏＆gt;录制...]然后按照您描述的步骤操作。在记录器窗口中，将打印每个步骤的命令。

执行您描述的7个步骤后，点击右上角的“创建”按钮。在那里，您将看到带有命令的文本窗口（ImageJ）或带有命令的脚本编辑器（斐济）。您只需重新打开图像堆栈并通过[宏>＆gt;测试宏。运行宏]（ImageJ）或单击“运行”按钮（斐济脚本编辑器）。

有关详细信息，请参阅下面链接的PDF中的幻灯片11-15。

http://cmci.embl.de/_media/documents/slides/elmi2012.pdf

或阅读以下页面中链接的教科书中的第17至22页。

http://cmci.embl.de/documents/ijcourses#macro_programming_in_imagej

您可能需要对自动录制的命令进行微小修改，因为您使用[Analyze Particle ...]命令的输出图像时工作流程略有复杂，但请先尝试不做任何更改。

如果将宏保存为文件（.ijm）并将其保存在

下，您还可以将宏包含为菜单项

[ImageJ root] / plugins / Scripts /

在这种情况下，文件名应包含下划线（_），以使文件名显示为[Plugins＆gt;下的菜单项。脚本＆gt;]。

如何使用现有的多个imagej插件构建插件

1 个答案: