Question

我尝试将Slidebook v4.2中的.spl文件导入到Matlab中，但我遇到了问题。

我从here下载了函数和loci_tools.jar。我使用它们导入一个文件有轻微的问题（它有Z平面和时间点向后以及错误的一些文件与错误的采集通道）但我找出了问题的模式，并能够解决它们。

然后我尝试导入另一个文件，我收到了这个我无法解决的错误。任何想法将不胜感激。我是在matlab中使用java和java的新手。这是我得到的错误：

I = bfopen(‘filename.spl’);
Finding offsets to pixel data
Determining dimensions
Reading series #1
    .Error using loci.formats.ChannelSeparator/openBytes
Java exception occurred:
java.lang.IllegalArgumentException: Negative position
at sun.nio.ch.FileChannelImpl.read(FileChannelImpl.java:600)
at loci.common.NIOByteBufferProvider.allocateDirect(NIOByteBufferProvider.java:133)
at loci.common.NIOByteBufferProvider.allocate(NIOByteBufferProvider.java:118)
at loci.common.NIOFileHandle.buffer(NIOFileHandle.java:532)
at loci.common.NIOFileHandle.seek(NIOFileHandle.java:254)
at loci.common.RandomAccessInputStream.seek(RandomAccessInputStream.java:140)
at loci.formats.in.SlidebookReader.openBytes(SlidebookReader.java:130)
at loci.formats.ImageReader.openBytes(ImageReader.java:414)
at loci.formats.ChannelFiller.openBytes(ChannelFiller.java:197)
at loci.formats.ChannelSeparator.openBytes(ChannelSeparator.java:226)
at loci.formats.ChannelSeparator.openBytes(ChannelSeparator.java:159)

Error in bfGetPlane (line 75)
plane = r.openBytes(iPlane - 1, ip.Results.x - 1, ip.Results.y - 1, ...

Error in bfopen (line 144)
    arr = bfGetPlane(r, i, varargin{:});

Answer 1

请尝试使用最新版本的Bio-Formats 5.您可以在enabling the Bio-Formats 5 update site轻松地在斐济使用它，或者使用Jenkins的latest loci_tools.jar在MATLAB中使用它。

如果您仍然收到错误，请随意report a bug。也就是说，推荐的方法是将您的数据从Slidebook软件导出到OME-TIFF format。

不幸的是，尽管流行，3i Slidebook可能是我们试图在Bio-Formats中支持的最神秘和最困难的格式。我们多次与Slidebook开发人员会面，讨论如何最好地处理该问题。但SLD格式从未打算用于公共消费，并且随着Slidebook软件的每次迭代而不断发展。因此，我们解决的妥协是Slidebook软件支持强大的导出到OME-TIFF格式，这保留了丰富的显微镜相关元数据。来自Bio-Formats 3i Slidebook page：

我们强烈建议用户使用SlideBook软件将.sld文件导出到OME-TIFF。 Bio-Formats不太可能支持.sld文件中包含的所有元数据，因此从SlideBook导出到OME-TIFF是确保保留所有元数据的最佳方法。

我知道这并不完全令人满意，但不太可能很快改变。也许如果许多客户表达了对Slidebook团队的强烈偏好，使SLD格式在Bio-Formats中更好地工作，他们会采取一些措施来重新设计格式......

另请参阅：Bio-Formats FAQ: Why do my Slidebook files take a long time to open?

将BioFormats文件导入Matlab时出错

1 个答案: