Question

我们使用Google Genomics ReadGroupSets来存储我们的对齐数据（BAM文件）并且它运行得非常惊人，直到昨天......

昨天（08/29/2016）我们的导入工作（方法：readgroupsets.import ）启动了＆＃34;运行＆＃34;状态，但直到现在还没有完成＆＃34;完成＆＃34;或错误信息。

还有其他人遇到同样的问题吗？

例如：作业运行1天，不显示错误消息。

$ gcloud alpha genomics operations describe identifier

done: false
metadata:
  '@type': type.googleapis.com/google.genomics.v1.OperationMetadata
  clientId: ''
  createTime: '2016-08-30T01:08:57.000Z'
  events: []
  projectId: xxxxxxx
  request:
    '@type': type.googleapis.com/google.genomics.v1.ImportReadGroupSetsRequest
    datasetId: 'xxx'
    partitionStrategy: PER_FILE_PER_SAMPLE
    referenceSetId: ''
    sourceUris:
    - gs://xxx/yyy/zzz.bam
name: operations/identifier

昨天我们在获取公共链接方面也存在暂时性问题。来自谷歌存储中的对象，但现在可以了。

编辑我还尝试使用gcloud cli触发导入作业，指向另一个数据集和另一个云项目，但作业仍然停留在＆＃34;运行＆＃34;。< / p>

edit2：我使用Google Genomics大约3个月并成功导入了400多个路线。只有这个星期我才遇到问题。

edit3：已解决。我的所有工作都成功结束了。

Answer 1

Sorry about that. ReadGroupSets Imports are currently not working, see https://groups.google.com/forum/#!topic/google-genomics-discuss/aWV8NjAbaFg

Answer 2

昨天下午有一个积压，我没有看到你甚至已经开始了。我会取消操作并重新提交。

保

Google Genomics的工作永无止境

2 个答案: