TPM为TCGA和GTEX RNA

Question

如何转换TCGA RNA normalized_count为GTEx计算的TPM值。 目前，GTEx上的TPM值大大小于TCGA的值。

这我在看是上大量查询的表是：

`isb-cgc.TCGA_hg19_data_v0.RNAseq_Gene_Expression_UNC_RSEM`

和

`isb-cgc.GTEx_v7.gene_tpm`

谢谢， 埃兰语

Answer 1

要在两个刻度之间转换，您需要原始读取计数。对于TCGA数据，表isb-cgc:TCGA_hg38_data_v0.RNAseq_Gene_Expression中的hg38数据集可获得原始读取计数。 ISB-CGC当前正在更新TCGA hg19 RNAseq表以包括原始读取计数。 ISB-CGC还将向v8提供更新的GTEx表。