gcloud.alpha.genomics.pipelines.run-没有这样的文件或目录：'wdl_pipeline.yaml'

Question

我正在尝试在Google Cloud中运行GATK最佳做法管道，并获得以下错误提示

这是gcloud命令：

gcloud alpha genomics pipelines run \
--pipeline-file wdl_pipeline.yaml \
--regions us-central1 \
--inputs-from-file WDL=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.gatk4.0.wdl,\
WORKFLOW_INPUTS=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.hg38.inputs.json,\
WORKFLOW_OPTIONS=${GATK_GOOGLE_DIR}/PairedEndSingleSampleWf.gatk4.0.options.json \
--env-vars WORKSPACE=${GATK_OUTPUT_DIR}/work,\
OUTPUTS=${GATK_OUTPUT_DIR}/output \
--logging ${GATK_OUTPUT_DIR}/logging/

  

错误：（gcloud.alpha.genomics.pipelines.run）无法读取文件[wdl_pipeline.yaml]：[错误2]没有这样的文件或目录：'wdl_pipeline.yaml'

Answer 1

[更新] WDL Runner存储库位置已更改。 https://cloud.google.com/genomics/docs/tutorials/gatk上的教程已更新。

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[原始] 如果您要按照https://cloud.google.com/genomics/docs/tutorials/gatk的指南进行操作，请确保执行更改目录的第4步。告诉您wdl文件不在您所在的目录中。