Question

知道我在下面的语法中做错了什么？我正在尝试使用颜色渐变通过连续属性“EM”为我的节点着色。在最后一个命令后我得到错误：

palf [V（g）$ EM]中的错误：'closure'类型的对象不是子集化的

我不知道这意味着什么。

library(igraph) # This loads the igraph package
dat=read.csv(file.choose(),header=TRUE,row.names=1,check.names=FALSE) # choose an adjacency matrix from a .csv file
m=as.matrix(dat) # coerces the data set as a matrix
g=graph.adjacency(m,mode="undirected",weighted=NULL) # this will create an 'igraph object'

a=read.csv(file.choose())
V(g)$EM=as.character(a$EM[match(V(g)$name,a$ID)]) # This code says to create a vertex attribute called "EM" by extracting the value of the column "EM" in the attributes file when the ID number matches the vertex name.
V(g)$EM # This will print the new vertex attribute, "EM"

palf <- colorRampPalette(c("gray80", "dark red"))

V(g)$color <- palf[V(g)$EM]

Answer 1

错误意味着您尝试在无法识别它的对象上使用[]运算符 - 因为它没有子集。在这种情况下，对象是palf，这是一个函数。（R称之为closure，在这种情况下，它基本上意味着“函数对象”。）palf函数实际上做的是给出从“gray80”到“darkred”渐变的颜色向量，n元素，其中n是您传递的参数。

我有点不清楚你为什么使用“as.character”而不是“as.numeric”或其他东西，但是，假设EM是一个实数，正如你的问题标题暗示的那样，你可以做这样的事情：（见Scale a series between two points）

range1.100 <- function(x){1 + 99*(x-min(x))/(max(x)-min(x))}
colr <- palf(100);
V(g)$color <- colr[round(range1.100(V(g)$EM))]

igraph：通过连续属性向量着色节点

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