IGRAPH;节点之间的距离

Question

我正在使用igraph

g <- graph_from_adjacency_matrix(adj2, mode = "directed") 

plot.igraph(g, vertex.size = 0.01, edge.arrow.size = 0.09, vertex.label.cex = 0.3, vertex.color = "white", vertex.shape = "none")

我遇到的问题是一些节点彼此非常接近，当我打印时很难看到一些节点。

我想以某种方式在距离接近的节点之间设置更大的距离（例如，节点的中心集群）。

谢谢！

Answer 1

您可以使用一些布局来提取网络并使其更具可读性。这可以通过不同的布局来完成，这里是fruchterman.reingold算法的一个例子：

plot.igraph(g, layout =  layout.fruchterman.reingold, vertex.size = 0.01, edge.arrow.size = 0.09, vertex.label.cex = 0.3, vertex.color = "white", vertex.shape = "none")

另一个例子是使用layout=layout.auto。您必须查看哪种布局更适合您的数据。

您可以在CRAN文档igraph

中详细了解不同的布局