根据权重可视化节点之间的距离 - 用R表示

Question

我正在尝试绘制一个图形，其中顶点之间的距离对应于边缘权重*我发现在graphviz中有一种方法来绘制这样的图形。有没有办法在R中使用igraph包（特别是用graph.adkacency）来做这个？

谢谢，

诺姆

• （曾经被问到：draw a graph where the distance between vertices correspond to the edge weights）

Answer 1

这是不可能的，因为每个三角形都需要三角形相等才能绘制这样的对象。所以你只能近似它。为此，您可以使用“强制嵌入”算法。 igraph中有一些。我经常使用的是Fruchterman-Reingold算法。

详见：

library("igraph")
?layout.fruchterman.reingold

编辑：

请注意，节点之间的距离将与绝对边缘权重的倒数略有对应。

Answer 2

像Sacha Epskamp提到的那样，除非您的数据是完美的，否则您无法绘制不会违反某些三角不等式的图表。但是，有一些名为Multidimensional scaling (MDS)的技术旨在最大限度地减少此类违规行为。

R中的一个实现是来自cmdscale包的stats。我推荐?cmdscale底部的示例：

> require(graphics)
> 
> loc <- cmdscale(eurodist)
> x <- loc[,1]
> y <- -loc[,2]
> plot(x, y, type="n", xlab="", ylab="", main="cmdscale(eurodist)")
> text(x, y, rownames(loc), cex=0.8)

当然，您可以使用任何图形包（您专门询问x）来绘制y和igraph。

最后，如果你搜索“多维缩放”或“MDS”，我相信你会发现很多其他的实现。祝你好运。