Question

我正在尝试使用rpy2来调用R包MatchIt。我很难看到$ match.matrix中匹配对的结果。这是我试图在python中执行的R代码。

matched <- cbind(lalonde[row.names(foo$match.matrix),"re78"],lalonde[foo$match.matrix,"re78"])

这是我的python代码：

import readline
import rpy2.robjects
from rpy2.robjects.packages import importr
from rpy2.robjects import pandas2ri
from rpy2 import robjects as ro

import numpy as np
from scipy.stats import ttest_ind
import pandas as pd
from pandas import Series,DataFrame

pandas2ri.activate()
R = ro.r
MatchIt = importr('MatchIt')
base = importr('base')

df = R('lalonde')
lalonde = pandas2ri.py2ri(df)
formula = 'treat ~ age + educ + black + hispan + married + nodegree + re74 + re75'

foo = MatchIt.matchit(formula = R(formula),
                               data = lalonde,
                               method = R('"nearest"'),
                               ratio = 1)

matched = \
base.cbind(lalonde.rx[base.row_names(foo.rx2('match.matrix')),"re78"], 
       lalonde.rx[foo.rx2('match.matrix'),"re78"])

这个块运行：

lalonde.rx(base.row_names(foo.rx2('match.matrix')),
       "re78")

但是这个块

lalonde.rx[foo.rx2('match.matrix'),"re78"].

返回错误：

ValueError: The first parameter must be a tuple.

的输出

cbind(lalonde[row.names(foo$match.matrix),"re78"], lalonde[foo$match.matrix,"re78"])

应该是一个数据框，它匹配foo $ match.matrix的行名和单元格值，其值为＆＃34; re78＆＃34;在lalonde数据框中

Answer 1

此处lalonde在其他地方定义（但是由于@ Parfait的问题，我们知道这是一个数据框）。现在你必须打破你的单线程，触发错误以确定故障的确切位置（我们不能为你做到这一点 - 关于自足和可重复的例子的事情是他们是帮助我们帮助你。）

matched = \
base.cbind(lalonde[base.row_names(foo.rx2('match.matrix')),"re78"], 
           lalonde[foo.rx2('match.matrix'),"re78"])

这是否打破了lalonde的第一个子集？

lalonde[base.row_names(foo.rx2('match.matrix')),"re78"]

由于type(lalonde)为rpy2.robjects.vectors.DataFrame，因此这是一个R / rpy2数据框。提取像R一样的子集可以用.rx来实现（如 r -style e x 牵引 - 请参阅http://rpy2.readthedocs.io/en/version_2.8.x/vector.html#extracting-r-style ）。

lalonde.rx(base.row_names(foo.rx2('match.matrix')),
           "re78")

了解此次通话的内容非常重要。默认情况下，在数据结构的每个方向上提取的元素（这里分别是数据框的行和列）必须是R向量（名称的向量，或者一个偏移索引整数的向量）或转换的Python数据结构机制可以转换为R向量（名称或整数）。 base.row_names将返回行名称（以及名称的矢量），但foo.rx2('match.matrix')可能是其他内容。

这里type(foo.rx2('match.matrix'))表示这是一个矩阵。使用矩阵可以用来挑选R数组中的单元格，但在这种情况下，只能有一个参数用于提取......我们现在有两个（第二个是"re78"）。

由于match.matrix的第一列包含lalonde中的索引（行号），因此以下内容应该是您想要的：

matched = \
base.cbind(lalonde.rx[base.row_names(foo.rx2('match.matrix')),"re78"], 
           lalonde.rx[foo.rx2('match.matrix').rx(True, 1),"re78"])

无法使用rpy2从Python调用R函数

1 个答案: