使用Python rpy2中的命令行参数调用R脚本

Question

我希望能够使用rpy2模块从python调用R文件。 我希望能够将参数传递给这些可由R＆amp; commandArgs函数解释的脚本。

所以如果我的R脚本（trivial_script.r）看起来像：

print(commandArgs(TRUE))

我的Python 2.7脚本如下：

>>> import rpy2.robjects as robjects
>>> script = robjects.r.source('trivial_script.r')

如何从rpy2.robjects中调用参数＆＃34; arg1＆＃34;，＆＃34; arg2＆＃34;，＆＃34; arg3＆＃34; ？

Answer 1

我将两种方法（RPy与命令行脚本）视为两个独立的部分。如果使用RPy，则无需传递命令行参数。您只需创建一个包含要在R中运行的功能的函数，并使用arg1，arg2，arg3从Python调用该函数。

如果要在Python中使用R命令行脚本，请查看Python中的subprocess library。在那里，您可以使用以下命令从命令行调用和R脚本：

import subprocess
subprocess.call(['Rscript', 'script.R', arg1, arg2, arg3])

其中arg1，arg2，arg3是包含您要传递给R脚本的信息的python对象（例如字符串）。