R参数方法预测的生存曲线

Question

我正在尝试为R中的幸存者或flexsurvreg创建预测的生存图。但是当我在幸存者中使用多个预测变量时，我得到了错误。我想尝试使用flexsurvreg或survreg，对于肺部数据集，我使用以下代码来拟合模型。

require(survival)
s <- with(lung,Surv(time,status))

sWei  <- survreg(s ~ as.factor(sex)+age+ph.ecog+wt.loss+ph.karno,dist='weibull',data=lung)

fitKM <- survfit(s ~ sex,data=lung)
plot(fitKM)

lines(predict(sWei, newdata=list(sex=1),type="quantile",p=seq(.01,.99,by=.01)),seq(.99,.01,by=-.01),col="blue")
lines(predict(sWei, newdata=list(sex=2),type="quantile",p=seq(.01,.99,by=.01)),seq(.99,.01,by=-.01),col="red")

当我使用上述命令进行绘图时，我收到错误。在绘制预测的生存曲线时，请让我知道我在哪里做错了。

> lines(predict(sWei, newdata=list(sex=1),type="quantile",p=seq(.01,.99,by=.01)),seq(.99,.01,by=-.01),col="red")
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'age' not found

Answer 1

我们需要在list中为模型中的每个变量赋值，以便绘制曲线。

require(survival)
s <- with(lung,Surv(time,status))

sWei  <- survreg(s ~ as.factor(sex)+age+ph.ecog+wt.loss+ph.karno,dist='weibull',data=lung)

fitKM <- survfit(s ~ sex,data=lung)
plot(fitKM)

lines(predict(sWei, newdata=list(sex=1, 
                                 age = 1, 
                                 ph.ecog = 1, 
                                 ph.karno = 90,
                                 wt.loss = 2),
                                 type="quantile",
                                 p=seq(.01,.99,by=.01)),
                                 seq(.99,.01,by=-.01),
                                 col="blue")
lines(predict(sWei, newdata=list(sex=2, 
                                 age = 1, 
                                 ph.ecog = 1, 
                                 ph.karno = 90,
                                 wt.loss = 2),
                                 type="quantile",
                                 p=seq(.01,.99,by=.01)),
                                 seq(.99,.01,by=-.01),
                                 col="red")