Mcnemar测试的敏感性

Question

我想看看受影响的群体中是否有比没有受影响的群体更多的基因

我首先想到Fisher精确测试是正确的但是因为受影响的组和没有受影响的组是相关的（配对）所以在我看来McNemar测试更正确吗？

当我尝试测试时，它返回给我一个显着的p值2.2-e16，即使基因的载体在受影响的组和没有受影响的组中都是相同的，这可能会说这个基因的富集在其中一个两组？

相反，当我尝试进行Fisher测试时，我的p值为1对我有意义，因为基因数量在受影响和受影响时均相等。但由于配对数据我无法使用此测试。

tt = with(data, table(Disease, Gene))
tt
                             Gene
       Disease        NoCarrier    Carrier
          NoAffected      2043       57
          Affected        2043       57
mcnemar.test(tt)

McNemar's Chi-squared test with continuity correction

   data:  tt
   McNemar's chi-squared = 1876.3, df = 1, p-value < 2.2e-16

由于

Answer 1

在McNemar测试中，零假设是t 被分类为单元格[i，j]和[j，i]的概率是相同的。

因此p值应该很小。考虑i = 1且j = 2的情况。

  

H0：在第1行第2列结束的概率   只有57次观察=在第2行第1列中结束的概率   哪里有2,043

我们绝对可以拒绝零假设！

有关详细信息，请参阅?mcnemar.test。