来自多个来源的综合R / markdown / pandoc参考书目?

时间:2016-07-15 18:32:31

标签: r knitr pandoc bibliography citations

似乎是一个简单的问题:我有一个以medline xml格式发布的汇编参考书目。这适用于pandoc-citeproc以格式化引用并在文档末尾生成引用列表。我现在想要整合我正在使用的R包中的引文,并在pandoc中生成统一的参考书目(通过pandoc-citeproc)。

pandoc-citeproc将从我的medline xml中编写yaml和json参考书目。在运行pandoc之前,我对R和medline引用的(可能是手动的)合并感觉很好。但我没有在citation()和pandoc-citeproc中看到任何内容,它会转换为medline和citation()输出到可用于创建统一参考书目的通用格式。

感谢您的任何指示。

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

  1. 我使用bibtex包将R引用写入文件

    library(ggplot2)
    library(plyr)
    library(limma)
    library(bibtex)
    write.bib( c('bibtex', 'ggplot2', 'plyr', 'Biobase', 'limma'), file "R.citations.bib" )
    
  2. pandoc接受多个 - 参考书目参数。重要的是,如果识别出书目文件名后缀,您可以使用不同的参考书目格式(.medline是ncbi的xml格式),而pandoc似乎将所有内容放在一起:

    pandoc --bibliography bib.medline --bibliography R.citations.bib file.md -o file.docx