Question

我想渲染一个Rmarkdown文件，该文件需要pdflatex中的-shell-escape选项或pandoc中的--pdf-engine-opt=-shell-escape选项。我在YAML标头中指定了pandoc_args: "--pdf-engine-opt=-shell-escape"，但是rmarkdown :: render（）似乎按此顺序调用程序：

knitr :: knit（）to * .md
编码转换为* .utf8.md
pandoc to * .tex（pandoc mwe.utf8.md --to latex --output mwe.tex ...）
pdflatex至* .pdf（pdflatex mwe.tex）

render（）在步骤3和4之间丢失了-shell-escape选项，因为pdflatex无法将命令传递给shell，所以我收到错误。有没有办法：1）让pandoc输出* .pdf文件而不是* .tex，或2）将-shell-escape传递给pdflatex？

MWE：mwe.Rmd

---
title: "mwe"
header-includes: |
  \usepackage{epstopdf}
  \epstopdfDeclareGraphicsRule{.tif}{png}{.png}{sips -s format png #1 --out \OutputFile}
  \PrependGraphicsExtensions{.tif, .tiff}
output: 
  pdf_document:
    pandoc_args: "--pdf-engine-opt=-shell-escape"
---

![](image.tif)

在R控制台中运行$ rmarkdown::render("mwe.Rmd", output_file="mwe.pdf")会出现错误，因为未使用-shell-escape调用pdflatex：

! Package pdftex.def Error: File `image-tif-converted-to.png' not found.

Error: Failed to compile mwe.tex. See mwe.log for more info.

在R控制台中运行$ knitr::knit("mwe.Rmd")，然后在终端中运行$ pandoc mwe.md -o mwe.pdf，返回正确的PDF。或者，在终端中的中间tex文件上运行$ pandoc mwe.md -s -o mwe.tex; pdflatex -shell-escape mwe.tex也会返回正确的PDF。

从https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/6a/Chi_Recombination_Model_for_Wikipedia.tif

Answer 1

当尝试导入铸造的乳胶包装时，我遇到了同样的问题-.rmd文件开头附近的R代码为我修复了该问题：

```{r setup, include=FALSE}
    options(tinytex.engine_args = '-shell-escape')
```

如果有必要，我将在MacOS 10.14.6上使用RStudio编译文档并进行编织。希望这会有所帮助！

rmarkdown :: render（）不会将-shell-escape选项从pandoc传递到pdflatex

MWE：mwe.Rmd

1 个答案: