Question

我有一个markdown文档，并希望基于一个变量从中生成多个报告。此处是一个示例（this的更新版本）：

脚本文件：

library(knitr)
library(markdown)
library(rmarkdown)
library(glue)
library(tidyverse)

iris_rmd <- iris %>% distinct(Species) %>% pull


for (i in iris_rmd){
  selected_iris <- iris_rmd[i]
  render(input = "test_iris.Rmd",  #the notebook file
         output_file =  glue("{i}_profile_{Sys.Date()}.html"), 
         output_dir = 'test_profiles')
}

笔记本文件：

---
output: 
  html_document:
    self_contained: no
---

```{r, include = FALSE}
#DON'T KNIT
#RUN THE SCRIPT INSTEAD!!!
```


```{r, include = FALSE}
library(tidyverse)
library(glue)
```

```{r, include = FALSE}
# add variables
selected_iris <- i


data <- iris %>% 
  filter(Species == selected_iris)
```

```{r}
ggplot(data, aes(Sepal.Length, Sepal.Width)) +
  geom_point() + labs(title = glue("{selected_iris}"))
```

我必须将YAML标头中的设置更改为self_contained: no，如下所述：pandoc document conversion failed with error 67，但这会将图像放在单独的文件夹中。

但是，我想将图像包括在html文件中（将它们嵌入，就像在普通笔记本中一样）。我也尝试过同样的错误：R-markdown self_contained

有没有解决的办法？

版本详细信息：

platform       x86_64-w64-mingw32          
arch           x86_64                      
os             mingw32                     
system         x86_64, mingw32             
status                                     
major          3                           
minor          5.2                         
year           2018                        
month          12                          
day            20                          
svn rev        75870                       
language       R                           
version.string R version 3.5.2 (2018-12-20)
nickname       Eggshell Igloo

还有

Rstudio 1.1.436
rmarkdown 1.12
rmarkdown::pandoc_version() ‘1.19.2.1’

有没有一种方法可以从降价文档生成多个报告，但仍将图像嵌入html中？

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