如何旋转R中的系统发育节点而不重叠？

Question

我正在尝试为R中的系统发育制作好的数据（我正在努力使用R进行分析）。树木是在Garli和MrBayes制作的。 Garli（最大似然）树一直表现着所有典型的猿，植物工具和phangorn命令。我已经为它们提供了颜色，分支标签，节点标签等。

但是我的MrBayes树没有表现。 编辑 - 现在另一个我的Garli树也没合作。

节点无法正常旋转。还有什么我需要做的不同吗？

以下是一个例子：

mbcpart <- read.nexus("acronicta_101_taxa.nex.con.tre")
outgroup <- c("Nacna_malachitis", "Nacna_sugitanii", "Gerbathodes_paupera", "Belciades_niveola", "Moma_kolthoffi", "Moma_alpium")
rmbcpart <- root(mbcpart, outgroup, resolve.root=TRUE)
rmbcpart <- rotate(rmbcpart, 175)
rmbcpart <- rotate(rmbcpart, 122)
rmbcpart <- rotate(rmbcpart, 108)

然后我打开一个新窗口并绘制事物。 附有两棵树并排。右边的那个是原始的，没有旋转。左边的那个是旋转之后。看起来他们主要是旋转，但是一些分类群被拖走或留下。这导致分支重叠。

有谁知道我能做些什么来解决这个问题？

Answer 1

这实际上只是包装hack的函数，但我建议尝试使用phytools :: untangle。例如：

library(phytools)
tree<-untangle(tree,"read.tree")