R中系统发育树的分支长度修饰

Question

我有一个NEWICK格式的phylo文件，有一段很短的距离（大约1.042e-06），我需要“消除”这些小距离。

我曾想过将所有距离乘以10，因为对于我进一步需要的树，这种乘法不会产生任何影响。 为此，我在R中找到了 ape 包和函数compute.brlen，与此函数一样，您可以通过函数更改分支的长度。

有关如何使用此函数将分支长度乘以10的想法吗？

我曾尝试compute.brlen(tree, main=expression(rho==10))，但我认为这不符合我的要求。

Answer 1

尝试这样做：

require(ape)       # get the ape package
mytree = rtree(10) # make a random tree, you should have instead read.tree(path_to_tree_file)
mytree$edge.length = mytree$edge.length * 10 #or any other scalar that you want

请注意，这会在系统发育中扩展所有分支长度。