我正在使用"ROC"
作为指标计算SVM-RFE模型,并使用rfe
函数(caret
包)。据我所知,rfe
算法使用roc
包的pROC
函数及其预定义参数来优化AUC值。但是,我想将direction
参数设置为"<"
而不是"auto"
,因为在某些情况下,得到的平均AUC反向计算(我的数据不是很好......) 。此答案在此处解释:Difference in average AUC computation using ROCR and pROC (R)
如何更改roc
计算中rfe
函数的默认参数值?
我尝试过这个简单的选项,但它不起作用:
svmRFE_NG3 <- rfe(x = TAll[,2:50],
y = TAll[,1],
sizes = seq(1,42),
metric = "ROC",
levels = c("BREAST","LUNG"),
direction = "<",
rfeControl = FSctrl,
## Options to train()
method = "svmLinear",
tuneLength = 10,
preProc = c("center", "scale"),
## Inner resampling process
trControl = TRctrl)
答案 0 :(得分:2)
我查看了插入符号的源代码,目前似乎不太可能。参数不会传递给roc
函数的调用。
我建议在the github repository of the package上提交增强请求。维护者Max Kuhn非常敏感,你很有可能在将来的版本中看到这个。