在RFE过程(插入符号)中更改ROC计算(pROC)的默认参数 - R.

时间:2016-05-24 10:25:53

标签: r r-caret roc rfe proc-r-package

我正在使用"ROC"作为指标计算SVM-RFE模型,并使用rfe函数(caret包)。据我所知,rfe算法使用roc包的pROC函数及其预定义参数来优化AUC值。但是,我想将direction参数设置为"<"而不是"auto",因为在某些情况下,得到的平均AUC反向计算(我的数据不是很好......) 。此答案在此处解释:Difference in average AUC computation using ROCR and pROC (R)

如何更改roc计算中rfe函数的默认参数值?

我尝试过这个简单的选项,但它不起作用:

svmRFE_NG3 <- rfe(x = TAll[,2:50],
               y = TAll[,1],
               sizes = seq(1,42),
               metric = "ROC",
               levels = c("BREAST","LUNG"),
               direction = "<",
               rfeControl = FSctrl,
               ## Options to train()
               method = "svmLinear",
               tuneLength = 10,
               preProc = c("center", "scale"),
               ## Inner resampling process
               trControl = TRctrl)

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

我查看了插入符号的源代码,目前似乎不太可能。参数不会传递给roc函数的调用。

我建议在the github repository of the package上提交增强请求。维护者Max Kuhn非常敏感,你很有可能在将来的版本中看到这个。