MonetDB嵌入式R代码调试

时间:2016-05-18 14:14:42

标签: r monetdb

我努力解决这里提到的问题: MonetDB connect to GO.db within R code that is run in-database

我继续将我需要的WGCNA代码复制到我自己的软件包并安装它。显然,我现在可以加载包没有任何问题(因为我不需要GO.db部分)。

但是,我似乎遇到了另一个问题:

  

服务器说'!运行R表达式时出错。错误消息:错误   .C(" corFast",x = as.double(x),nrow = as.integer(nrow(x)),ncolx =   as.integer(ncol(x)),:'。

我确实想要使用WGCNA中更快的cor函数,但显然C调用现在会产生另一个问题。 不幸的是,该消息并不提供信息。我已经尝试以交互方式运行查询并将语句添加到语句中。这并没有为我提供更多信息。

我能做些什么来增加冗长度,以便我可以调试过程吗?

我也尝试过:

options(monetdb.debug.query=F)

这会在查询之前产生一些额外的输出,但是在发生的错误上没有额外的输出。

根据Hannes Muehleisen的建议,我补充说:

options(monetdb.debug.mapi=T)

它确实添加了更多信息,这让我可以继续前进。我现在陷入了以下错误,这似乎再次被截断。

  

QQ:' SELECT * FROM cor_test();' TX:' sSELECT * FROM cor_test(); ; RX:   '!运行R表达式时出错。错误消息:.C中出错(" corFast",x   = as.double(x),nrow = as.integer(nrow(x)),ncolx = as.integer(ncol(x)),:! " corFast"不适用于.C()   package" MRMRF .local中的错误(conn,statement,...):无法执行   执行语句' SELECT * FROM cor_test();'。服务器说'!错误   运行R表达式。错误消息:.C中出错(" corFast",x =   as.double(x),nrow = as.integer(nrow(x)),ncolx = as.integer(ncol(x)),   :'。

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

是的,这是一个已知问题,只返回错误消息的第一行。我们应该解决这个问题我总是使用stop(whatever)从UDF中返回一些信息。