dockstore-tool-samtools-index是否已配置GATK / BAM / Chromwell？

Question

只是想知道这个名为dockstore-tool-samtools-index的docker镜像是否可用“https://quay.io/repository/cancercollaboratory/dockstore-tool-samtools-index” 作为Google Genomics API（pipelines.create）的输入，它包含基因组工具，如GATK / BWA或Chromwell。 任何有关这方面的帮助将不胜感激。 我试图在Google上搜索，但没有得到任何帮助。

感谢。

Answer 1

它似乎不包含其他工具：https://github.com/CancerCollaboratory/dockstore-tool-samtools-index/blob/master/Dockerfile

以下是检查方法：

1. 在https://dockstore.org/search-containers上找到docker容器。
2. 点击＆＃34; GitHub＆＃34;将行与感兴趣的容器链接起来。
3. 阅读Dockerfile的内容，了解图片的内容。

Answer 2

Docker镜像的一个方面是它们通常只尝试在其上安装一个特定工具。这样，图像可以保持尽可能小，并且可以像模块一样使用它们。

Nicole上面提供的Dockstore搜索链接中列出了安装了BWA的图像。 Cromwell通常启动Docker容器而不是安装在Docker镜像上，因为它更像是工作流管理系统。我们随时欢迎您使用首选安装的软件包创建自己的自定义映像，以满足您的需求。

希望它有所帮助，

保