Question

我制作点图时遇到问题。我有一个数据框＆＃34; distribution_tab＆＃34;有4列6行。两个第一列是定量变量，另外两个是分类值：

     read.length     percentage.GC   strand     organism

1         203           63.0        forward     bacteria
2         250           33.0        forward     plant
3         205           72.0        reverse     bacteria
4         240           36.0        reverse     plant
5         210           33.5        forward     plant
6         230           63.5        reverse     bacteria

我想从这个数据帧中只制作一个点图，x轴为read.length，y轴为percent.GC。钢绞线＆＃34;前进＆＃34;必须用点表示，并且链用三角形反转（或者用其他两个不同的符号）。有机体＆＃34;细菌＆＃34;必须以粉红色和有机体＆＃34;植物＆＃34;在绿色。

因此，例如，如果一个数据是＆＃34;转发和细菌＆＃34;，它必须在点图中用粉红点表示，如果它是＆＃34;反向和植物＆＃34;它必须是一个绿色三角形。

我真的不知道该怎么做（或者如果可能的话）。目前我已经制作了一个带有两个定量变量的点图：

    plot(distribution_tab$read_length ~ distribution_tab$percentage.GC)

我不知道如何根据他们的生物和链值来区分它们。

Answer 1

distribution_tab <- read.table(header = TRUE, text = "read.length     percentage.GC   strand     organism
1         203           63.0        forward     bacteria
2         250           33.0        forward     plant
3         205           72.0        reverse     bacteria
4         240           36.0        reverse     plant
5         210           33.5        forward     plant
6         230           63.5        reverse     bacteria ")


plot(percentage.GC ~ read.length, data = distribution_tab,
     pch = c(17,19)[(strand %in% 'forward') + 1L],
     col = c('pink', 'green')[(organism %in% 'plant') + 1L])

或使用ifelse，但上述方法更灵活

plot(percentage.GC ~ read.length, data = distribution_tab,
     pch = ifelse(strand %in% 'forward', 19, 17),
     col = ifelse(organism %in% 'plant', 'green', 'pink'))

Answer 2

使用ggplot：

library(ggplot2)

df$col <- ifelse(df$organism == "bacteria", "pink", "green")
ggplot(df, aes(read.length, percentage.GC, shape = strand, col = col)) + 
  geom_point(size = 4) +
  scale_color_identity()

数据：

#dummy data
df <- read.table(text="     read.length     percentage.GC   strand     organism
                 1         203           63.0        forward     bacteria
                 2         250           33.0        forward     plant
                 3         205           72.0        reverse     bacteria
                 4         240           36.0        reverse     plant
                 5         210           33.5        forward     plant
                 6         230           63.5        reverse     bacteria ", header = TRUE)

Dotplot有两个分类变量和两个定量变量

2 个答案: