在生产中运行的最佳实践R脚本 - 包版本

Question

我们有一个linux（Ubuntu 14.10）生产服务器，以及我们想要在其上运行的许多R脚本，它们将从API或Web抓取中收集数据。然后，数据将写入CSV文件。

我的背景是SQL Server / Fortran，在生产环境方面应该遵循非常具体的最佳实践。一些突出的是： -

• 从代码的角度来看，生产环境在版本控制方面应该是稳定的，而且还应该是已安装的应用程序，操作系统等。
• 对代码/应用程序/操作系统的更改应在单独的环境中进行，或者以受控制的方式进行，并且可以退出。 如果存在第二个环境，则可以执行并行执行以测试系统更改的可能性。
• （很大程度上），开发人员不得改变生产环境。

我的问题是：在我选择更新它们之前，如何确保与我的R代码关联的软件包保持一致且不变？

Answer 1

你可以使用Docker;我们的Rocker project有一些合适的容器可以开始。

否则只需使用基本的Unix sys.admining：

• 如果您不想更改R的包目录，请将它们设为只读
• 使用来自HPC人员的一些技巧并使用“模块”（即符号链接或PATH设置的层）来使某些路径和目录可见

一般来说，Task View on Reproducible Research还有一些指示。 可以在每个生产运行中记录使用的版本，并且可以设置运行，以便可以将版本与预期版本进行比较。

但这些对R来说都不是真的 - 这些都是部署的“Meta”问题。

Answer 2

@Lev Kuznetsov使用packrat发布了另一个解决方案，请参考他的answer更一般的问题