与移动块检测的序列比较

Question

我需要比较2个序列并找到编辑距离。编辑可以包括删除和插入操作（每个符号修改权重1）和块移动操作（每个符号的权重为0.1） 例如：
A B C D E F G H
F G H A B C Y D X E
Block FGH搬到这里。
是否有任何现有的算法可以有效地解决这个问题？

Answer 1

您可以尝试A technique for isolating differences between files（通过here）：

  

使用'移动'的算法   运算符在P. Heckel的描述中描述   1978 paper

（对于scribd界面很抱歉，但我猜这篇论文还没有OCR。）

Answer 2

是;有许多与生物学有关的算法和理论;基因组比对和染色体重排。在不知道您的数据的情况下，很难提及更具体的内容。我提到煎饼分类作为另一种stackoverflow post的重新排列的衡量标准，还有一些其他很好的选择（压缩，特别是）。当然，该方法无法将数据拆分为块。处理小的序列数据，您应该没有问题生成所有分组。

Answer 3

Block Edit Models for Approximate String Matching的摘要看起来很有希望。