保存森林地块（metafor）

Question

我有一个森林图（使用metafor），其行数将根据输入条件而变化。我的代码使用以下命令在每次运行后保存绘图：

dev.copy(png,'myplot.png')
dev.off()

根据图中的行数，可以压缩数据。大约30行以及数据变得不可读，请参见下面的示例。第一个图表是可读的，但第二个图表是无用的，只是因为我想要包含更多数据而变得更糟。

有没有办法保存图表，以便高度会自动更新以正确放入行？没有特别需要图表是正方形的，事实上我设想它将是矩形的以适应数据。图表代码包含在问题的基础中以供参考。

forest(x = final$AvgPts, ci.lb = final$min, ci.ub = final$max, slab = final$Players,
ilab = final$value, ilab.xpos = max(final$max)+10,ilab.pos =4, alim = c(min(final$min)-5,
max(final$max)+5), xlim = c(min(final$min)-170, 2*(max(final$max)+5)), 
xlab = "Moneyball Points Spread", efac = 1, cex = 0.75, mgp = c(1, 1, 0),
refline=mean(final$AvgPts),digits=1,col="dark blue",pch = 19,
main=paste("2016 Moneyball Summary (position =",pos,"and min average >",points,")"))

Answer 1

不要使用dev.copy()，而是执行此操作：

1. 确定将包含在森林地块中的k（研究数量=行数）。
2. 打开一个包含png()的绘图设备，其中height属性是k的适当函数（k越大，height的值越大}）。
3. 绘制森林图。
4. 使用dev.off()关闭绘图设备。
5. 利润！

第2步实际上有点棘手。经过一些反复试验，我发现height = 200 + 40*k^.85似乎没问题。在forest()中，您还希望使用cex=1，以便字符/符号展开因子保持不变，yaxs="i"，否则k时4％填充将开始变得奇怪很大。但是，您还需要调整ylim，以便在x轴和第一行之间有更多的空间。最后，您还必须使efac适当减少k的函数。经过一些反复试验，我发现efac=30/(k+10)似乎有效。

以下是一些代码来测试它：

library(metafor)

ks <- c(5, 10, 20, 40, 80, 160, 320)

for (k in ks) {

   vi <- runif(k, .05, 1)
   yi <- rnorm(k, 0, sqrt(vi))

   png(paste0("forest_k=", formatC(k, format="f", flag="0", width=3, digits=0), ".png"), height = 200 + 40*k^.85)
   forest(yi, vi, xlim=c(-10,10), alim=c(-4,4), efac=30/(k+10), cex=1, yaxs="i", ylim=c(0,k+3))
   text(-10, k+2, "Study", pos=4)
   text( 10, k+2, "Estimate [95% CI]", pos=2)
   dev.off()

}

好的，最后，这是一个hackish解决方案，但似乎有效。

还有https://stackoverflow.com/a/28239750/2615367可能更优雅，但你必须检查自己如何使这项工作。