Question

阅读pdb结构2a65我面临的氨基酸残基应该被认为是“蛋白质的配体”，而不是“部分蛋白质” 。

在PDB文件和cif文件中，这个LEU.601残留被标记为HET，遗憾的是，它名为LEU，似乎Biojava将其自动标记为ATOM。有没有人知道区分“蛋白质链A”和配体“LEU.601”的方法？

2a65.pdb的样本：

HETATM 4149  N   LEU A 601      24.537  32.416  18.866  1.00 15.26           N
HETATM 4150  CA  LEU A 601      25.812  31.696  18.815  1.00 16.66           C
HETATM 4151  C   LEU A 601      25.693  30.381  18.046  1.00 16.48           C
...

我的biojava代码片段：

Group g=s.findGroup("A", "601");
System.out.println(g);
System.out.println(g.getType());

g=s.findGroup("A", "701");
System.out.println(g);
System.out.println(g.getType());

它产生了什么：

AminoAcid ATOM:LEU L 601 true ATOM atoms: 9
amino
Hetatom 701 BOG true atoms: 20
hetatm

Answer 1

在biojava 4中，这是通过seqres组和原子组处理的。作为配体一部分的基团将完全不属于seqres。这是一个演示如何循环遍历它们的片段：

import org.biojava.nbio.structure.Chain;
import org.biojava.nbio.structure.Group;
import org.biojava.nbio.structure.Structure;
import org.biojava.nbio.structure.StructureIO;

public class StackOverflowIssue {

    public static void main(String[] args) throws Exception {

        Structure s = StructureIO.getStructure("2a65");         

        Chain c = s.getChainByPDB("A");

        for (Group gr : c.getSeqResGroups()) {
            System.out.println(gr.getResidueNumber()+" "+gr.getPDBName());
        }

        for (Group gr : c.getAtomGroups()) {
            if (!gr.isWater())
                System.out.println(gr.getResidueNumber()+" "+gr.getPDBName());
        }

    }

}

它的输出将显示seqres组如何包含您引用的LEU 601，而原子组不包含它。

在biojava 5中（尚未发布，但您可以使用SNAPSHOT构建或直接从github获取主分支：https://github.com/biojava/biojava），聚合物和非聚合物实体以更好的方式处理。基本上每个配体分子都被分配到它自己的链中，这样就很容易将聚合物（蛋白质或核酸）与其配体分开。

如果您继续使用4，请使用最新的4.2.1（或等待几天直到4.2.2发布）。

Biojava：HET氨基酸

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