需要帮助才能使我的python脚本正常工作

Question

我正在尝试编写一个python脚本，可用于将FASTA文件重新格式化为两列，表格分隔的表格，如上图所示。该脚本应该从命令行获取输入文件的名称，结果应该转到STDOUT。

任何帮助将不胜感激！所以这就是我到目前为止：

#/user/bin/env python
import sys
import re
file_object = open(sys.argv[1])
for some_line in file_object:
       if re.search('>', some_line):
              sys.stdout.write(some_line.strip('\n')+ '\t')
       else:
             if re.search('^\w+', some_line):
                          sys.stdout.write(some_line.strip('w')

预期产量：

Answer 1

您的其他内容未与相应的if语句对齐。无论如何，如果可以，我建议你摆脱重新包装。这个例子会更快：

#/user/bin/env python
import sys
file_object = open(sys.argv[1])
for some_line in file_object:
   if some_line.startswith('>'):
          sys.stdout.write(some_line.strip('\n') + '\t')
   else:
          sys.stdout.write(some_line)