Question

我有一个填充TRUE / FALSE值的矩阵，我试图在每一行上找到第一个TRUE值的索引位置（或返回NA如果行中没有TRUE值。以下代码完成了工作，但它使用了apply()调用，我认为这只是for循环的包装器。我正在使用一些大型数据集，性能正在下降。有更快的方法吗？

> x <- matrix(rep(c(F,T,T),10), nrow=10)
> x
       [,1]  [,2]  [,3]
 [1,] FALSE  TRUE  TRUE
 [2,]  TRUE  TRUE FALSE
 [3,]  TRUE FALSE  TRUE
 [4,] FALSE  TRUE  TRUE
 [5,]  TRUE  TRUE FALSE
 [6,]  TRUE FALSE  TRUE
 [7,] FALSE  TRUE  TRUE
 [8,]  TRUE  TRUE FALSE
 [9,]  TRUE FALSE  TRUE
[10,] FALSE  TRUE  TRUE

> apply(x,1,function(y) which(y)[1])
 [1] 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2

Answer 1

不确定这是否更好，但这是一个解决方案：

> x2 <- t(t(matrix(as.numeric(x), nrow=10)) * 1:3)
> x2[x2 == 0] <- Inf
> rowMins(x2)
 [1] 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2

编辑：这是使用基础R的更好的解决方案：

> x2 <- (x2 <- which(x, arr=TRUE))[order(x2[,1]),]
> x2[as.logical(c(1,diff(x2[,1]) != 0)),2]
 [1] 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2

Answer 2

几年后，我想添加两种替代方法。

1）使用max.col：

> max.col(x, "first")
 [1] 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2

2）使用aggregate：

> aggregate(col ~ row, data = which(x, arr.ind = TRUE), FUN = min)$col
 [1] 2 1 1 2 1 1 2 1 1 2

由于性能是一个问题，让我们在更大的数据集上测试不同的方法。首先为每个方法创建一个函数：

abiel <- function(n){apply(n, 1, function(y) which(y)[1])}
maxcol <- function(n){max.col(n, "first")}
aggr.min <- function(n){aggregate(col ~ row, data = which(n, arr.ind = TRUE), FUN = min)$col}
shane.bR <- function(n){x2 <- (x2 <- which(n, arr=TRUE))[order(x2[,1]),]; x2[as.logical(c(1,diff(x2[,1]) != 0)),2]}
joris <- function(n){z <- which(t(n))-1;((z%%ncol(n))+1)[match(1:nrow(n), (z%/%ncol(n))+1)]}

其次，创建一个更大的数据集：

xl <- matrix(sample(c(F,T),9e5,replace=TRUE), nrow=1e5)

第三，运行基准：

library(microbenchmark)
microbenchmark(abiel(xl), maxcol(xl), aggr.min(xl), shane.bR(xl), joris(xl),
               unit = 'relative')

导致：

Unit: relative
         expr        min         lq       mean     median         uq       max neval   cld
    abiel(xl)  55.102815  33.458994  15.781460  33.243576  33.196486  2.911675   100    d 
   maxcol(xl)   1.000000   1.000000   1.000000   1.000000   1.000000  1.000000   100 a    
 aggr.min(xl) 439.863935 262.595535 118.436328 263.387427 256.815607 16.709754   100     e
 shane.bR(xl)  12.477856   8.522470   7.389083  13.549351  24.626431  1.748501   100   c  
    joris(xl)   7.922274   5.449662   4.418423   5.964554   9.855588  1.491417   100  b

Answer 3

使用%%和%/%：

可以获得更快的速度

x <- matrix(rep(c(F,T,T),10), nrow=10)

z <- which(t(x))-1
((z%%ncol(x))+1)[match(1:nrow(x), (z%/%ncol(x))+1)]

这可以根据需要进行调整：如果你想对列进行调整，你不必转置矩阵。

尝试使用1,000,000 X 5矩阵：

x <- matrix(sample(c(F,T),5000000,replace=T), ncol=5)

system.time(apply(x,1,function(y) which(y)[1]))

#>   user  system elapsed 
#>  12.61    0.07   12.70 

system.time({
 z <- which(t(x))-1
 (z%%ncol(x)+1)[match(1:nrow(x), (z%/%ncol(x))+1)]}
)

#>   user  system elapsed 
#>   1.11    0.00    1.11

你可以通过这种方式获得很多。

如何在矩阵的每一行上对此操作进行矢量化

3 个答案: