我想用一些定制的负指数概率密度函数拟合一些野外数据。 (动机 - 我最终希望将现场数据与Bullock Shea and Skarpaas 2006表3中的许多分布相匹配)。
首先我根据这篇文章定义了一个dnegexp
函数:
Error with custom density function definition for mle2 formula call
dnegexp <- function(x, mya, myb, log=FALSE){
logne <- log(mya)-myb*x
if(log) return(logne) else return(exp(logne))
}
然后我创建了一个rnegexp
函数,该函数使用任何给定参数从此分布生成数据集。 (请原谅这个功能的不雅 - 这不是这篇文章的主题,但是欢迎让它变得更好的想法......)
rnegexp <- function(n, thisa, thisb){
rnums <- array(data=NA,dim=n)
counter=0
while(counter<=n){
candidate <- runif(1,0,100)
if(runif(1,0,1)<dnegexp(candidate,thisa, thisb)) {
rnums[counter] <- candidate
counter <- counter+1
}
}
return(rnums)
}
有了这两个函数,我通过创建一个数据集来测试我的工作流程,该数据集遵循带有已知参数的负指数分布:
set.seed(501)
mynegexpvals <- rnegexp(100,0.08, 0.09)
hist(mynegexpvals, freq=FALSE)
mydists <- seq(0,100, by=1)
lines(mydists,dnegexp(mydists, 0.08, 0.09), col="blue", lwd=2)
当我尝试使用mle2
包中的bbmle
来查找参数时,它会给出非感知值,即使我将确切的生成参数作为起始值:
> library(bbmle)
> mle2(mynegexpvals ~ dnegexp(a,b), start = list(a=0.08, b=0.09), data=data.frame(mynegexpvals))
Call:
mle2(minuslogl = mynegexpvals ~ dnegexp(a, b), start = list(a = 0.08,
b = 0.09), data = data.frame(mynegexpvals))
Coefficients:
a b
2.421577e+12 -6.849330e+12
Log-likelihood: 6.148807e+15
尝试绑定搜索空间会产生边界处的参数估计值:
> mle2(mynegexpvals ~ dnegexp(a,b), start = list(a=0.08, b=0.09), data=data.frame(mynegexpvals), method="L-BFGS-B", lower=c(a=0.04, b=0.0001), upper=c(a=1000, b=1000))
Call:
mle2(minuslogl = mynegexpvals ~ dnegexp(a, b), start = list(a = 0.08,
b = 0.09), method = "L-BFGS-B", data = data.frame(mynegexpvals),
lower = c(a = 0.04, b = 1e-04), upper = c(a = 1000, b = 1000))
Coefficients:
a b
1e+03 1e-04
Log-likelihood: 690.69
Warning message:
In mle2(mynegexpvals ~ dnegexp(a, b), start = list(a = 0.08, b = 0.09), :
some parameters are on the boundary: variance-covariance calculations based on Hessian may be unreliable
我错过了一些重要的东西吗?我是否定义了我的dnegexp函数错误?