Question

我在从 bbmle 包的 ICtab（）功能中提取信息时遇到了一些问题。基本上我要做的是在一系列glm模型上运行此函数，然后将该输出添加到主data.frame对象。但是，虽然我可以从 ICtab（）输出中提取$ dqAIC和$ df参数，但我无法找到一种方法来提取行名称本身（即输入的模型的名称）进入ICtab）。这是一个问题，因为 ICtab（）输出按$ dqAIC的升序排序 - 因此，我无法使用正确的顺序预先标记列表或data.frame或矩阵，因此$ dqAIC值未提前知道。要解决这个问题， ICtab（）对象类似乎无法被强制转换为data.frame或任何其他我可以提取row.names（）或任何其他对象的对象类似。

我正在寻找的方法是从 ICtab（）函数中提取所有信息，作为一个整体或3个部分（行名称，dqAIC值和df值），然后将其附加到主表以及其他一些信息。

以下是我正在尝试的代码示例以及一些测试数据。

library(bbmle)
library(visreg)
library(splines)
library(foreign)
library(survival)
library(lubridate)

dfun<- function(object) {with(object, sum((weights*residuals^2)[weights>0])/df.residual)}  

test.data.1 <- seq(1, 1000, by = 10)
num.days <- seq(1, 100, by = 1)

disp.global <- glm(test.data.1 ~ num.days, family=poisson(link="log"), na.action=na.exclude)

model.1 <- glm(test.data.1 ~ ns(num.days, df = 3), family=poisson(link="log"), na.action=na.exclude)
model.2 <- glm(test.data.1 ~ ns(num.days, df = 6), family=poisson(link="log"), na.action=na.exclude)

testIC <- ICtab(model.1, model.2, dispersion=dfun(disp.global),type="qAIC")

结果如下：

> testIC
        dqAIC df
model.2 0     7 
model.1 5     4

我可以提取dqAIC和df值：

> testIC$dqAIC
[1] 0.000000 5.018875
> testIC$df
[1] 7 4

但我无法找到获得“model.2”和“model.1”行名称的方法; row.names（testIC）什么都不返回， rownames（testIC）只返回一个NULL：

> row.names(testIC)
> rownames(testIC)
NULL

据我所知，无法使用 list（）， as.data.frame（），数据更改此输出.frame（）或任何其他对象类型来获取这些行名称。

> as.data.frame(testIC)
Error in as.data.frame.default(testIC) : 
  cannot coerce class ""ICtab"" to a data.frame

作为旁注，在 bbmle 包的documentation中，似乎有一个名为 get.mnames（）<的函数/ em>应该这样做 - 列出模型名称 - 但是，它似乎不包含在已安装的 bbmle 包中（我的版本与版本匹配）文档，1.0.18）：

> ls("package:bbmle") [1] "AIC" "AICc" "AICctab" "AICtab" "anova" "BICtab" "call.to.char" "coef" "confint" "deviance" [11] "formula" "ICtab" "logLik" "mle2" "namedrop" "parnames" "parnames<-" "plot" "predict" "profile" [21] "qAIC" "qAICc" "relist2" "residuals" "sbeta" "sbetabinom" "sbinom" "simulate" "slice" "slice1D" [31] "slice2D" "sliceOld" "snbinom" "snorm" "spois" "stdEr" "summary" "update" "vcov"

任何帮助从ICtab（）结果中获取这些行名称的帮助将不胜感激。上面的代码只是一个示例 - 我实际上正在做的是通过ICtab（）函数运行多个模型，带有一系列数据集，我想将所有这些信息放在一个data.frame对象中作为结果

提前致谢，

内特

Answer 1

我遇到了与你相同的问题，我可以看到没有人回复你的帖子。我并不为我的解决方案感到自豪，它不是很优雅，但它有效

class(testIC) <- "data.frame"
 rownames(testIC)

我希望有一天能帮到别人。

从bbmle的ICtab（）函数中提取信息

1 个答案: