如何使用选项-std = c99来安装R包

Question

我在安装plyr R软件包时遇到问题，并出现以下错误：

Installing package into '/home/mousavian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2'
(as 'lib' is unspecified)
* installing *source* package 'plyr' ...
** package 'plyr' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
g++ -I/share/apps/R/lib64/R/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/home/mousavian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/Rcpp/include"   -fpic  -g -O2  -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
gcc -I/share/apps/R/lib64/R/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include -I"/home/mousavian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/Rcpp/include"   -fpic  -g -O2  -c loop_apply.c -o loop_apply.o
loop_apply.c: In function 'loop_apply':
loop_apply.c:15:3: error: 'for' loop initial declarations are only allowed in C99 or C11 mode
   for(int i = 0; i < n1; i++) {
   ^
loop_apply.c:15:3: note: use option -std=c99, -std=gnu99, -std=c11 or -std=gnu11 to compile your code
make: *** [loop_apply.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package 'plyr'
* removing '/home/mousavian/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2/plyr'
Warning message:
In install.packages("R packages/plyr_1.8.3.tar.gz", repos = NULL) :
  installation of package 'R packages/plyr_1.8.3.tar.gz' had non-zero exit status

当尝试通过install.packages命令从源安装R软件包时，如何使用-std = c99选项？

由于

Answer 1

如果尚未存在，请在$ HOME中创建一个目录（在您的情况下为/home/mousavian/.R）。在里面，创建一个Makevars文件（没有扩展名）。使用您喜欢的编辑器编辑此文件并写下：

CC = gcc -std=c99

然后，保存并在启动R后，只需运行

install.packages("plyr", dependencies = TRUE)

应该使用gcc -std=c99进行编译。

Answer 2

默认/etc/R/Makeconf包括CC = gcc -std=gnu99（R 3.3.2以及可能大多数或所有其他近期版本，但我认为正在进行的开发版本会跳升到21世纪）

接受的答案可能会有效，但不是R默认值。设置CC=gcc而没有其他选项会丢弃此默认值，这是获取此错误的另一个原因。除非你知道自己在做什么，否则最好单独保留默认值。

Answer 3

首先尝试 C11

编译器错误提示您选择 C99 或 C11 。因此，除非您有意编译旧代码，否则请先尝试 C11 。如果那没用，您可以随时尝试使用旧版 C99 。

使用withr::with_makevars

对于每个未直接从源代码编译的软件包，编辑单个软件包Makevars或协调对include / lib目录的全局更改，对于未来来说并不是一个好的策略。不要那样做！编辑R的make配置的一种很好的选择是仅使用安装命令使用withr::with_makevars来操纵Makevars：

library(withr)

with_makevars(c(PKG_CFLAGS = "-std=c11"), 
              install.packages("plyr", repos = NULL, type = "source"), 
              assignment = "+=")

此外，由于它是withr依赖项，因此您可能已经安装了devtools。

Answer 4

作为附录，可能会节省几分钟的时间：在Rstudio服务器（我无法控制）的R更新到3.3.2后，我遇到了类似的问题，但是使用g ++。 g ++的编译器选项可以添加到Makevars，如下所示：

CXX1XSTD = -std=gnu++11

（我需要编译所需的gnu ++ 11包）