Question

我正在尝试使用R版本3.4.0在OS X 10.11.6上安装rJava包：

install.packages("rJava", type = "source")

我收到以下错误：

clang -o libjri.jnilib Rengine.o jri.o Rcallbacks.o Rinit.o globals.o rjava.o  -dynamiclib -framework JavaVM -fopenmp -L/usr/local/lib -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -lpcre -llzma -lbz2 -lz -licucore -lm -liconv    
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’

据我所知，clang被用作编译器，使用＆＃39; fopenmp＆＃39; clang似乎没有支持它。任何人都可以看到解决这个问题的方法，可能会强制使用不同的编译器吗？（注意：我对编译器几乎一无所知）

提前致谢。

Answer 1

这是因为R 3.4.0是由CRAN编译的llvm-4.0.0（支持OpenMP），但Apple的fork（默认安装在macOS上）不支持OpenMP。有三种解决方案

使用CRAN提供的包二进制文件，例如install.packages(type = "binary")。
安装支持OpenMP的编译器，例如来自hombrew的gcc或clang，但是您还必须修改个人makevars文件中的变量（~/.R/Makevars）。
取消SHLIB_OPENMP_CFLAGS

SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS

~/.R/Makevars

对于2.您可以使用brew install llvm或brew install gcc --without-multilib安装编译器，然后您必须将编译器路径添加到~/.R/Makevars文件。

CC=/usr/local/opt/llvm/bin/clang
CXX=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++
# Also potentially CXX11 (for C++11 compiler)
CXX11=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++

或gcc使用（仔细检查gcc可执行文件并且名称正确）

CC=/usr/local/bin/gcc-7
CXX=/usr/local/bin/gcc-7
# Also potentially CXX11 (for C++11 compiler)
CXX11=/usr/local/bin/gcc-7

或者，您可以安装CRAN Provided LLVM 4.0并正确设置Makevars文件。

对于3.您只需取消设置SHLIB_OPENMP_CFLAGS

SHLIB_OPENMP_CFLAGS=
SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS=

有关详细信息，请参阅编写R扩展中的OpenMP support。

请注意，此错误与Java或rJava包无关，因此理想情况下，问题可以重命名为clang: error: unsupported option '-fopenmp'。

Answer 2

在终端中运行以下命令也可以修复RStudio中的包下载，您可以毫无问题地运行Rjava或r-app。

    brew cask install r-app 
    brew install homebrew/versions/gcc49 --without-multilib 
    sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local
    brew link --overwrite --force gcc49
    brew unlink gcc49 && brew link gcc49
    brew install llvm
    mkdir ~/.R; touch ~/.R/Makevars

用于安装R软件包的备用编译器：clang：error：unsupported option＆＃39; -fopenmp＆＃39;

2 个答案: