我正在尝试在MacOS Sierra上安装rJava。必须尝试其他其他版本MacOS的提示和指南，例如https://github.com/snowflakedb/dplyr-snowflakedb/wiki/Configuring-R-rJava-RJDBC-on-Mac-OS-X 和Install xlsx and rJava on Mac
但它没有成功。非常感谢任何帮助。感谢。
我的Mac版：macOS Sierra，版本10.12.15 我的R版本：3.4.0（2017-04-21） 我的Rstudio版本：版本0.99.903
Java版：
bash-3.2$ /usr/libexec/java_home -V
bash-3.2$ java -version
java version "1.8.0_131"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_131-b11)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.131-b11, mixed mode)
bash-3.2$ R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/bin/java
Java version : 1.8.0_131
Java home path : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre
Java compiler : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Non-system Java on macOS
trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/../include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/../include/darwin -I/usr/local/include -fPIC -Wall -g -O2 -c conftest.c -o conftest.o
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o conftest.so conftest.o -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
JAVA_HOME : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_131.jdk/Contents/Home/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
override rw-r--r-- root/admin for /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf? (y/n [n]) n
not overwritten
override rw-r--r-- root/admin for /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/ldpaths? (y/n [n]) n
not overwritten
Done.
当我尝试安装rJava时，我跑了
`R --quiet -e 'install.packages("rJava", type="source", repos="http://cran.us.r-project.org")`
我收到了错误：
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava’
The downloaded source packages are in
‘/private/var/folders/w8/ksbj8dh15bz2lkss7h2tpzk80000gn/T/Rtmp6r9HI0/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rJava", type = "source", repos = "http://cran.us.r-project.org") :
installation of package ‘rJava’ had non-zero exit status
我跑了：
"curl -#ROL https://www.rforge.net/rJava/snapshot/rJava_0.9-8.tar.gz
R CMD INSTALL rJava_0.9-8.tar.gz"
并收到以下错误消息：
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make[2]: *** [libjri.jnilib] Error 1
make[1]: *** [src/JRI.jar] Error 2
make: *** [jri] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘rJava’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava’
* restoring previous ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava’
我不知道该怎么做。谢谢你的帮助。
答案 0 :(得分：3)
本文here在macOS Sierra 10.12.4上为我解决了这个fopenmp问题。我概述了解决方案here，但也在下面。问题是macOS gcc不支持forenmp选项，所以我们必须编译新版本的gcc。
解决前庭问题
我已经使用Homerew的r-app brew cask install r-app和Oracle的JDK进行了测试。然后我做了以下
brew install homebrew/versions/gcc49 --without-multilib #Long ~70min compiling...
sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local
brew link --overwrite --force gcc49
brew unlink gcc49 && brew link gcc49
brew install llvm
mkdir ~/.R; touch ~/.R/Makevars
echo "VER=-4.9
CC=gcc$(VER)
CXX=g++$(VER)
CXX1X=g++$(VER)
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.3/lib/gcc/4.9" > ~/.R/Makevars
现在
sudo R CMD javareconf
Rscript -e 'install.packages("rJava", repos="http://rforge.net", type="source")'
现在rJava正在工作！
答案 1 :(得分：1)
使用OSX 10.12.6和Java 1.8.0_181进行注释，处理上述问题以及与编译rJava有关的另一个问题。
使用以下命令安装rJava：
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-10.tar.gz
tar xvfz rJava_0.9-10.tar.gz
cd rJava
R CMD INSTALL rJava
为什么要使用R CMD INSTALL？这将保留config.log文件，使您可以调试内容。 install.packages（）不能，并且在这种情况下对您的帮助可能不是很有用（例如https://github.com/s-u/rJava/issues/111）。
如果您已更新Java，请确保运行以下命令（请记住，您需要JDK，而不是JRE）。
sudo R CMD javareconf
要纠正此错误：
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
执行此操作：
sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib
sudo ln -f -s /usr/local/lib/libjvm.dylib /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/lib/
要纠正此错误：
clang: error: unsupported option '-fopenmp
执行以下操作：
注意：对于较新版本的gcc，可能需要修改说明，但是请确保您获得的版本大于7（请参阅以下说明）；以下命令可用于查找可用版本：
brew search gcc
然后安装gcc：
brew install gcc@7
sudo chown -R $(whoami):admin /usr/local
brew link --overwrite --force gcc@7
brew unlink gcc@7 && brew link gcc@7
brew install llvm
mkdir -p ~/.R
## Check the versions and folder in FLIBS match what you install
echo "CC=gcc-7
CXX=g++-7
CXX1X=g++-7
CFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
CXXFLAGS=-mtune=native -g -O2 -Wall -pedantic -Wconversion
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gcc\@7/7.3.0/lib/gcc/7" > ~/.R/Makevars
注意：您需要任何大于7的gcc版本。前面的答案中提到的without-multilib标志可能不可用，但这很重要。为什么不使用multilib标志？：https://thecoatlessprofessor.com/programming/openmp-in-r-on-os-x/和OpenMP/gcc on macOS : gcc --without-multilib not available
然后安装rJava
R CMD INSTALL rJava
最后，测试库（您应该看到Java版本）：
library(rJava)
.jinit()
.jcall("java/lang/System", "S", "getProperty", "java.runtime.version")
答案 2 :(得分：0)