Question

给出两个GenomicRanges，如：

library(GenomicRanges)

gr1 <- 
  makeGRangesFromDataFrame(
    data.frame(
      chr = c("1","1","2","2"),
      start = c(10,50,10,50),
      end = c(20,60,20,60)
    )
  )

gr2 <- 
  makeGRangesFromDataFrame(
    data.frame(
      chr = c("2","2","3","3"),
      start = c(15,40,10,50),
      end = c(25,55,20,60)
    )
  )

我需要找到重叠段的重叠大小（宽度）。在我的例子中，这将是5（对于gr1 [3]和gr2 1）和5（对于gr [4]和gr2 [2]）。在命中类上使用ranges()给出here的解决方案不适合GenomicRanges类（似乎）：

mm <- findOverlaps(gr1,gr2)
ranges(mm,gr1,gr2)

.local（x，...）中的错误：＆＃39;查询＆＃39;必须是长度等于查询数量的范围

有人希望GenomicRanges::subsetByOverlaps()有一个参数可以切片并返回重叠。

UPDATE（见下文）：解决方案在包本身GenomicRanges::intersect()中，所以：

width(intersect(gr1, gr2))

Answer 1

GenomicRanges包具有特定的功能，intersect()。所以解决方案很简单：

width(intersect(gr1, gr2))

[1] 6 6

（这是正确的）

R，GenomicRanges：找到重叠基因组范围的宽度

1 个答案: