我似乎无法使用此算法处理我的数据集，所以我只使用了一小部分数据并尝试使其工作，但这也无效。
我想在ELKI中输入一个预先计算的距离矩阵，然后让它找到我的点的可达性距离列表，但我的所有点的可达性距离都为0。
ID=1 reachdist=Infinity predecessor=1
ID=2 reachdist=0.0 predecessor=1
ID=4 reachdist=0.0 predecessor=1
ID=3 reachdist=0.0 predecessor=1
我的ELKI论点如下：
运行：-dbc DBIDRangeDatabaseConnection -idgen.start 1 -idgen.count 4 -algorithm clustering.optics.OPTICSList -algorithm.distancefunction external.FileBasedDoubleDistanceFunction -distance.matrix /Users/jperrie/Documents/testfile.txt-optics.epsilon 1.0 -optics.minpts 2 -resulthandler ResultWriter -out /Applications/elki-0.7.0/elkioutputtest
我使用DBIDRangeDatabaseConnection而不是输入文件来创建索引1到4，并使用以下格式传入距离矩阵，其中每条线上有2个索引和一个距离。
1 2 0.0895585119724274
1 3 0.19458931684494
2 3 0.196315720677376
1 4 0.137940123677254
2 4 0.135852232575417
3 4 0.141511023044586
任何指向我出错的地方都会受到赞赏。
答案 0 :(得分：2)
当我将距离矩阵更改为从0开始计数时，它似乎起作用：
ID=0 reachdist=Infinity predecessor=-2147483648
ID=1 reachdist=0.0895585119724274 predecessor=-2147483648
ID=3 reachdist=0.135852232575417 predecessor=1
ID=2 reachdist=0.141511023044586 predecessor=3
也许你应该提交错误报告 - 对我来说，这似乎是一个错误。此外，predecessor=-2147483648应该是predecessor=None或类似的东西。
答案 1 :(得分：2)
这是由于最近的更改，可能尚未在文档中正确显示。
当您在MiniGUI中进行多次调用时，ELKI将分配新的对象DBID。因此，如果你有一个包含100个对象的数据集，第一次运行将使用0-99，第二次运行将使用第二次运行200-299等等 - 这可能是需要的（如果你想到更长的运行进程，你需要对象ID是独特的，但它也可能是令人惊讶的行为。
然而，这使得预先计算的距离矩阵真的难以使用;尤其是真实数据。因此，这些类已更改为使用偏移。所以距离矩阵的格式现在是
DBIDoffset1 DBIDoffset2 distance
其中offset 0 = start + 0是第一个对象。
当我回到办公室时（并且不要忘记），我将1.更新文档以反映这一点，提供2.偏移参数，以便您可以从1,3开始继续计数。默认情况下距离“NaN”或“无穷大”，以及4.添加一个健全性检查，如果您有100个对象则会发出警告，但是对象1-100而不是0-99会给出距离。