Question

我想比较两个DNA序列。但是，我想将第一个蛋白质作为第一个序列，并将其与第二个序列的全长进行比较，依此类推。

E.g。

DNASequence1：ABCDEFGHIJKA

DNASequence2：ABCHIKABTIYO

因此它需要序列A中的第一个蛋白质并将其与第二个序列进行比较，产生两个匹配。然后它需要B并比较它，产生另外两个匹配。等等，直到比较所有蛋白质。

Answer 1

您可以使用循环执行此操作，但bsxfun更简洁（可能更快）并提供相同的结果：

A = 'ABCDEFGHIJKA';   %// I shortened the variable names...
B = 'ABCHIKABTIYO';   %// because I don't like typing.

C = bsxfun(@eq, B, A')

C =

   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0
   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0
   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   1   0   0   0   0   1   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0
   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0

C的每一行都是1，其中A中的相应元素出现在B中。例如，行9按顺序I给出了B字母的所有出现次数。

这也适用于序列长度不同的情况：

>> D = [B B]
D = ABCHIKABTIYOABCHIKABTIYO

>> bsxfun(@eq, D, A')
ans =

   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0
   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0
   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   1   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   1   0   0
   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   0
   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0   1   0   0   0   0   0

Matlab：DNA序列比较

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