我有这些序列：
GCAGGCATAGTCGGAACTGCTCTAAGCCTATTAATTCGAGCTGAGCTAAGCCAGCCTGGGGCTCTGCTCGGAGATGA
AGTGGGCTTGTTGGGACTGGTCTTTCTTTATTAATTCGTTTTGAGTTAGGCACTGTTGGAGTTTTATTAG---ATAA
GCAGGAATAGTTGGAACCGCCCTTAGCTTATTAATTCGAGCAGAACTCAGCCAACCTGGTGCCTTATTAGGGGATGA
GCTGGCATAGTAGGAACTGCCCTTAGCCTTTTAATTCGAGCAGAGCTCAGTCAACCCGGAGCCCTGCTCGGAGATGA
GCAGGAATAGTTGGAACTGCACTAAGCCTTTTAATTCGAGCTGAACTAAGCCAACCCGGAGCATTACTTGGAGACGA
它们实际上会更长，但是并不重要。
我想估计给定基序数的序列的给定值。
我想在给定的序列中计算一个（数量）motif / s，如"ATCGCGCGCGCTTTAAA"，然后使用该数字来估计该序列的值。
我知道您可以使用逻辑问题来询问给定序列是否具有主题，但我想计算它们。
由于
答案 0 :(得分：0)
EMBOSS Fuzznuc：http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.6/emboss/apps/fuzznuc.html
fuzznuc在核苷酸序列中搜索指定的PROSITE样式模式。这种模式是要找到的序列长度（通常很短）的规范。他们可以指定搜索精确序列，或者它们可以允许各种歧义，匹配可变长度的序列和序列的重复子部分。从文件中读取一个或多个核苷酸序列。输出是标准的EMBOSS报告文件，其中包括任何匹配的位置和分数等数据。
对于生物信息学问题，您应该询问biostars.org