我对aftreg包的eha功能有疑问。
Here是我的数据库。
当我运行此代码时：
base <- read.csv2([local]\\base_modelo_sobrevivencia2.csv", sep=";")
base.mod <- base[ , c(1,6,16:23, 25:72)]
base.mod <- base.mod[base.mod$TEMPO_INI_OBRA > 0, ]
for (i in 11:58) {
base.mod[, i] <- as.factor(trimws(base.mod[, i], which="both"))
base.mod[, i] <- factor(base.mod[, i])
} ### For cleaning the typing problem categories
attach(base.mod)
surv.inic <- Surv(TEMPO_INI_OBRA, RISCO_INI_OBRA)
predictors <- c("RECURSO_OBRA_PAC", "MEM_DESCR_EMPREEND", "COMPR_OPER_SIST_AGUA" "PLANTA_SAA_LOCAL", "PECA_PB_ESCALA",
"DOC_CONSELHO", "ART_CAPTACAO", "ART_PB_PLAN_ORC", "TITULARIDADE_TERRENO", "SUSTENT_DEVIDA", PLAN_ORC_ADM_LOCAL", "LAUDO_HIDR_PERF", "ACORDO_LEI_11445", "ETAPA_UTIL", "ANUN_CONCESS_AGUA_OPER", "METAS", "REALIDADE_LOCAL", "OBRA_EM_EXECUCAO", "TIPO", "SIT_OBRA_PAC", "COMPR_TITULARIDADE","LIC_AMB_EMPREEND")
model.ini.log <- aftreg(surv.inic ~., data=base.mod[ , predictors],
dist = "loglogistic", param = "lifeAcc")
结果中的许多 p值都会返回Nan个值。
summary(model.ini.log)
Call:
aftreg(formula = surv.inic ~ ., data = base.mod[, predictors],
dist = "loglogistic", param = "lifeAcc")
Covariate W.mean Coef Time-Accn se(Coef) Wald p
RECURSO_OBRA_PAC
Não 0.878 0 1 (reference)
Sim 0.122 0.539 1.715 0.395 0.173
MEM_DESCR_EMPREEND
Não 0.118 0 1 (reference)
Parcialmente 0.336 -0.273 0.761 0.127 0.031
Sim 0.546 -0.257 0.774 0.123 0.037
COMPR_OPER_SIST_AGUA
Não 0.180 0 1 (reference)
Não se aplica 0.606 -0.719 0.487 0.995 0.470
Sim 0.214 -0.286 0.751 0.130 0.027
PLANTA_SAA_LOCAL
Dispensada 0.015 0 1 (reference)
Não 0.006 -0.433 0.648 NaN NaN
Não se aplica 0.591 0.747 2.111 NaN NaN
Parcialmente 0.016 -0.679 0.507 NaN NaN
Sim 0.372 0.232 1.261 NaN NaN
PECA_PB_ESCALA
Dispensada 0.015 0 1 (reference)
Não 0.010 -0.990 0.372 444.246 0.998
Parcialmente 0.017 0.761 2.141 444.246 0.999
Sim 0.958 0.096 1.101 444.246 1.000
DOC_CONSELHO
Dispensada 0.015 0 1 (reference)
Não 0.018 0.411 1.509 NaN NaN
Sim 0.968 -0.544 0.580 NaN NaN
ART_CAPTACAO
Dispensada 0.015 0 1 (reference)
Não 0.007 -1.221 0.295 NaN NaN
Não se Aplica 0.807 0.637 1.890 NaN NaN
Sim 0.172 0.451 1.571 NaN NaN
ART_PB_PLAN_ORC
Dispensada 0.015 0 1 (reference)
Não 0.018 -0.626 0.535 379.341 0.999
Parcialmente 0.047 0.217 1.243 379.341 1.000
Sim 0.921 0.276 1.317 379.341 0.999
TITULARIDADE_TERRENO
Certidão de Registro de Imóveis 0.127 0 1 (reference)
Declaração de posse de terreno (Portaria 154/09 Funasa) 0.669 -0.108 0.898 0.125 0.387
Decreto de Desapropriação 0.059 -0.448 0.639 0.207 0.031
Dispensada 0.015 0.133 1.142 NaN NaN
Imissão de Posse 0.028 -1.596 0.203 0.401 0.000
Não se aplica 0.043 -0.151 0.860 0.237 0.523
Nenhuma 0.059 -0.403 0.668 0.257 0.117
SUSTENT_DEVIDA
Dispensada 0.015 0 1 (reference)
Não 0.048 -0.337 0.714 235.032 0.999
Sim 0.937 0.204 1.226 235.032 0.999
PLAN_ORC_ADM_LOCAL
Dispensada 0.015 0 1 (reference)
Não 0.033 0.121 1.129 325.233 1.000
Sim 0.953 -0.254 0.776 325.233 0.999
LAUDO_HIDR_PERF
Dispensada 0.015 0 1 (reference)
Não 0.008 0.564 1.757 85.436 0.995
Não se Aplica 0.816 -0.655 0.520 85.430 0.994
Sim 0.162 -0.042 0.959 85.433 1.000
ACORDO_LEI_11445
Dispensada 0.015 0 1 (reference)
Não 0.013 0.127 1.136 NaN NaN
Sim 0.972 -0.260 0.771 NaN NaN
ETAPA_UTIL
Dispensada 0.015 0 1 (reference)
Não 0.010 0.398 1.489 NaN NaN
Sim 0.975 -0.531 0.588 NaN NaN
ANUN_CONCESS_AGUA_OPER
Dispensada 0.335 0 1 (reference)
Não 0.021 -0.499 0.607 NaN NaN
Não se aplica 0.114 0.145 1.156 NaN NaN
Sim 0.529 0.228 1.256 NaN NaN
METAS
Dispensada 0.335 0 1 (reference)
Não 0.053 -0.266 0.766 93.751 0.998
Sim 0.612 0.140 1.150 93.751 0.999
REALIDADE_LOCAL
Dispensada 0.335 0 1 (reference)
Não 0.006 0.422 1.525 NaN NaN
Sim 0.658 -0.548 0.578 NaN NaN
OBRA_EM_EXECUCAO
Dispensada 0.335 0 1 (reference)
Não 0.012 -0.479 0.620 NaN NaN
Não se aplica 0.234 0.316 1.372 NaN NaN
Sim 0.419 0.036 1.037 NaN NaN
TIPO
PAC 2 - 2011 0.405 0 1 (reference)
PAC 2 - 2014 0.569 -1.094 0.335 0.139 0.000
SEMIÁRIDO 0.026 0.768 2.155 0.240 0.001
SIT_OBRA_PAC
Análise 0.020 0 1 (reference)
Aprovada 0.044 -0.259 0.772 0.323 0.421
Concluída 0.014 0.641 1.899 0.518 0.216
Execução 0.058 0.258 1.294 0.294 0.381
Não se aplica 0.865 0.407 1.502 0.443 0.359
COMPR_TITULARIDADE
Dispensada 0.335 0 1 (reference)
Não 0.071 -0.234 0.791 NaN NaN
Não se aplica 0.070 -0.103 0.902 NaN NaN
Sim 0.524 0.211 1.235 NaN NaN
LIC_AMB_EMPREEND
Dispensada 0.335 0 1 (reference)
Dispensado de licenciamento 0.149 0.284 1.328 156.350 0.999
Empreendimento não licenciado 0.048 -0.406 0.667 156.350 0.998
LI emitida 0.143 0.257 1.293 156.350 0.999
LO emitida 0.027 0.256 1.292 156.350 0.999
LP emitida 0.005 -0.621 0.537 156.351 0.997
Processo em análise no órgão ambiental 0.293 0.103 1.109 156.350 0.999
Baseline parameters:
log(scale) 5.001 NaN NaN
log(shape) 0.425 0.037 0.000
Baseline life expectancy:
Events 555
Total time at risk 443010
Max. log. likelihood -4064.2
LR test statistic 356
Degrees of freedom 62
Overall p-value 0
Warning message:
In sqrt(diag(x$var)) : NaNs produzidos
我在协方差矩阵的主对角线上得到负值？为什么会发生这种情况，我该如何避免呢？