这可能是R问题和算法问题的混合。问题在于一般的OPTICS和“dbscan”包装中光学的R实现（https://cran.r-project.org/web/packages/dbscan/dbscan.pdf）
我从使用DBSCAN转向OPTICS的主要原因是我拥有的数据集具有可变密度聚类，并且它们具有不规则形状。 OPTICS产生可达性图，但对于我的用例，更有趣的部分是簇的提取。原始论文中描述了一些自动聚类提取，它不仅仅是eps的一个切点。 （http://fogo.dbs.ifi.lmu.de/Publikationen/Papers/OPTICS.pdf）。
所以我的两部分qn： 1）有没有办法以这种方式使用R包进行自动提取？ 2）是否有一个OPTICS实现支持这个（python，在其他地方）？
答案 0 :(得分：0)
1）是的！ dbscan包具有提取具有可变密度的光学簇的功能。 ?dbscan::extractXi()
基于可达性图的陡度，在Ankerst等人（1999）中以hiearchically指定的提取物提取物簇。 xi参数的一种解释是它通过相对簇密度的变化对簇进行分类。使用的算法最初由ELKI框架提供，但包含一组修复。
有关方法和示例的详尽说明，请参阅https://cran.r-project.org/web/packages/dbscan/vignettes/dbscan.pdf