我试图将时间序列代谢反应数据聚类以使用DBSCAN对代谢物进行分类。它是一个相当大的数据集,有1000行(时间点)和2190个变量(代谢物浓度)。我首先尝试使用250行和2190个变量的数据子集。 Here is the distance matrix I used for the clustering.
我试图绘制DBSCAN的群集输出。但是我收到了轰鸣声错误。
plot.new()出错:数字边距太大。
然后我尝试使用png()。这是我使用的代码。
library(fpc)
dbsEUCLQ1 = dbscan(Q1Matrix,eps=0.6, MinPts = 5, method = "dist")
png(file = "Q1.png", width = 1500, height = 1000)
plot(Q1Data,col=dbsEUCLQ1$cluster)
dev.off
但我仍然无法生成情节。我收到以下错误。
plot(Q1Data,col = dbsEUCLQ1 $ cluster)plot.new()中的错误:数字边距太大 dev.off函数(其中= dev.cur()){ if(= = 1) 停止("无法关闭设备1(空设备)") .External(C_devoff,as.integer(which)) dev.cur()}
我在这里做错了吗?对此有任何帮助表示赞赏。
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以下是一个非常相似的问题的相关答案:
当我试图绘制高维数据时,我遇到了这个错误。如果这与你发生了什么,请尝试多维缩放:http://www.statmethods.net/advstats/mds.html